GenCheck® DNA Extraction Kit [TypeS/F]

特徴

1. （1）化学的な溶菌と物理的な菌体破砕を併用
2. （2）Beads Beatingにより強固な細胞壁を持つ微生物からもDNA を抽出することが可能。
3. （3）エタノール沈殿による核酸調製は不要であり、簡便、迅速にDNA抽出

内容

使用方法

実験例

実験例1: 本キットを用いて黒ボク土、火山灰から抽出したDNA溶液の吸光度測定結果

実験例2: 実施例1のDNA溶液を用いたPCR結果

●酵素：ExTaq polymerase/Takara

●プライマー：27F/1492R

●DNA鋳型量：1 ng/µl 5 µl使用(20 µl反応)／20 cycle

実験例3: 抽出方法の比較

黒ボク土壌および火山灰土壌について、以下の条件にて2反復で抽出を実施。抽出したDNAをもとにライブラリ調製を行い、次世代シーケンサーに供与して、得られたデータについて菌叢解析を行った。

※条件1がキットのプロトコールに従った条件

	bead破砕	Lysis solution
条件１	＋	＋
条件２	－	＋
条件３	＋	－（※1）

１．Qubitによる濃度測定結果 (ng/µl)

●酵素：ExTaq polymerase/Takara

●プライマー：16SV4領域増幅プライマ―

●1stPCR条件：1 ng/µl 5 µl使用(20 µl反応／20 cycle) ※1 ng/µlに満たないものは、DNA抽出原液を5 µl使用

●2ndPCR条件：1stPCR product 2 µl使用(20 µl反応／8 cycle)

２．Taxa Summaries report (※2)

３．Rarefaction Curves (※2)

※1：アルカリ処理

※2：“-beads”→条件2／“-Surfactants”→条件3

実験例4: 糞便サンプルでの本キットの利用

乳児の離乳食開始前後の糞便を採便管にて採取し、保存液から本キットでDNA抽出を実施。抽出したDNAをもとにライブラリ調製を行い、次世代シーケンサーに供与して、得られたデータについて菌叢解析を行った。

１．Qubitによる濃度測定結果(ng/µl)

●酵素：ExTaq polymerase/Takara

●プライマー：16SV4領域増幅プライマ―

●1stPCR条件：1 ng/µl 5 µl使用(20 µl反応／20 cycle) ※1 ng/µlに満たないものは、DNA抽出原液を5 µl使用

●2ndPCR条件：1stPCR product 2 µl使用(20µl反応／8 cycle)

条件	N=3	抽出後	ライブラリ調製後
離乳食開始1日前	180911_16_25_1	1.99	19
	180911_16_25_2	2.31	32.4
	180911_16_25_3	0.85	29.3
離乳食開始2日後	180914_16_38_1	2.33	24.5
	180914_16_38_2	1.42	38.2
	180914_16_38_3	1.34	32.3
離乳食開始1週間後	180919_16_07_1	1.17	34
	180919_16_07_2	1.07	31.2
	180919_16_07_3	1.48	31.6
離乳食開始2週間後	180926_17_45_1	1.49	24.6
	180926_17_45_2	1.55	27.1
	180926_17_45_3	2.2	27.5
離乳食開始3週間後	181002_16_45_1	1.85	32.1
	181002_16_45_2	1.16	35.4
	181002_16_45_3	1.07	30.3

２．菌叢グラフ

本解析はDADA2アルゴリズムを利用した「QIIME2」で実施いたしました。以下のブラウザにqzvファイルをドラッグしてご覧いただけます。

[Qiime2 view]

https://view.qiime2.org

>>qzvファイル

３．主座標分析（PCoA）