DNAシーケンス解析　よくある質問(FAQ)

シールを強く貼り、クッション材などでサンプルを固定し、冷凍便ならびに天地無用とご指定頂ければ、漏れる可能性が少なくなります。

詳しくはこちらのガイドラインをご確認ください。

またプレートシールにつきましては、普段お使いの粘着性シールをお使いいただいて構いません。

破損しにくい丈夫なものでお送りいただければと存じます。

※プレートにつきましては、作業の都合上、平底以外のプレートを推奨しております。

Premixプレート解析をご利用予定で、平底以外のプレートをお持ちでない場合には、弊社から無償にて提供いたしておりますので、是非お申し付けください。

• [各種プレート解析] ⇒ 1枚のご依頼より
• [8連解析] ⇒ 1本分(8サンプル)より
• [シングルLite解析] ⇒ 4サンプルのご依頼より
• [レンタル解析] ⇒ 8サンプルのご依頼より
• [フラグメント解析] ⇒ 1本分(8サンプル)より

＜着払い送付＞いただけます。（他解析種別については、別途お問い合わせください）

※上記着払い可能条件を満たさない場合￥1,000 送料申し受けます。

ご希望の場合には、専用の配送伝票を送付させていただきます。

※遠隔地(北海道、北東北、中四国、九州・沖縄)のお客様につきましては、翌営業日の午前着が可能な日通航空のご利用をお勧めしております。

検証データもございますので、よろしければご確認ください。

ご依頼後3時間以内であれば、弊社Webログインサイトよりキャンセル依頼が可能です。

それ以上時間が経過している場合、TELもしくはE-mailにてご連絡ください。

TEL　：046-281-9902 (平日 9:00～19:00)

(平日 9:00～19:00)

ご登録ならびにご依頼の際には、弊社Webサイトをご利用いただきますようお願いいたします。

上記URLより、「新規ユーザー登録」をクリックしてユーザー登録を行ってください。

※お客様にてご登録後すぐにご注文が可能となります。

また、ご注文後には、別途シーケンス解析につきましてご案内のメールをお送りさせていただきます。

ご注文につきましては、下記2種類の方法にてご依頼いただけます。

なお、Webサイトへログインする際、ご登録メールアドレスならびにパスワードが必要となります。

[シーケンサー]

(※3130xl Genetic Analyzerにつきましては、
Thermo Fisher Scientific社のサポートが終了したため、現在は使用しておりません)

[反応試薬]

しかしながら、ライフテクノロジーズ社の推奨するプロトコールに基づき、反応を行っておりますので、是非ご参照ください。

解析ソフトをお持ちでない場合にはフリーの解析ソフトを個別にご案内しておりますので、ご相談ください。

ただ解析ソフトによっては波形の得られていないデータについて、ab1ファイルが開けない場合もあるようです。その場合には一緒にお送りする配列データ(TXTファイル形式)が「NNNNN」となっているかと存じます。

良好な結果が得られている場合の解読base数はそれぞれ、

2hr:700-800base、
1hr:600-700baseとさせていただいております。

配列データと波形データを併せてご確認いただくことをお勧めいたしております。

GT richやG richが疑われる場合にdGTPkitを使用するなど。

ただし、Premix2解析、レンタル解析、セミレンタル解析は、再反応ならびに反応条件変更のサポートは行っておりませんのであらかじめご了承ください。

※Premixプレート解析につきましては、温度条件の変更を承っております。Bisulfite処理済サンプルは専用のプロトコールをご用意しておりますので、ご依頼時にご相談いただければ幸いです。

プライマー3’末端から数十baseは分画範囲外となるため、解読が困難となります。プライマーの設計位置等を再検討いただければ幸いでございます。

その塩基のエラー率がどのくらいであるかを表す数値になります。

ライフテクノロジーズ社の推奨する「正確である」という最下限がQV=20という値になります。これは、エラー率1 ％という値で、「この塩基を100回シーケンスで読んだ場合、1回位の割合で違う塩基であるとコールされる可能性がある」という値になります。

※弊社よりお送りするシーケンス解析結果は、あくまでもシーケンサーにより出力されたデータであり、実際の配列を完全保証するものではございません。予めご理解の程、宜しくお願い申し上げます。

サンプルの長さが短い場合、ほとんど波形を得ることができません。短いPCR産物の全長を解析する場合、プラスミドベクターにクローニングしていただくことが確実でございます。お手数おかけいたしますが、ご検討くださいますようお願いいたします。

1hr →　泳動時間が約1時間でおよそ800 base程度の波形データが得られます。(Fast Seq)

2hr →　泳動時間が約2時間でおよそ1000 base程度の波形データが得られます。(Long Seq)

(バックグラウンドが高い、ピークが重なる、シグナルが弱いなど）

テンプレートDNA は市販の精製キットによる抽出・精製を行ってください。

PCR 産物は、PCR 反応後、電気泳動によりシングルバンドであることをご確認いただき、精製キットにより、未反応のプライマーやdNTP 等を除去してください。

しかしながら、解析結果としては「波形に少々バックグラウンドが出る」、「波形後半の分解能がやや悪い」といった波形の乱れが生じる場合もございますので、予めご了承ください。

土日・祝日は営業日に含まれませんのであらかじめご了承ください。

また下記解析サービスにつきましては午後にサンプルが到着した場合、納期が＋1営業日となります。

【Premix2解析プレート(ゆとり)プラン、ワンパス解析、ノーマル解析】

「超特急」プラン→納期：サンプル到着当日18時まで(￥38,400/プレート)

ご希望の納期および価格に応じてお使い分けいただければと存じます。

上記納期の適用は、超特急プランでは4プレートまでとさせていただき、再泳動後のデータは翌営業日のご報告となります。ゆとりプランにつきましても4プレートまでとさせていただいております。

それ以上のプレート数をご依頼いただいた場合、枚数に応じて以下のように納期を加算させていただきます。

「超特急」プラン：4プレートごとに納期を＋2営業日

「ゆとり」プラン：4プレートごとに納期を＋3営業日

※土日・祝日は営業日に含まれませんのであらかじめご了承ください。

(例)

・「超特急」プラン6プレートのご依頼

→1～4プレートは初回泳動データについて当日18時まで(再泳動データは翌営業日)、5、6プレートは2営業日(0+2営業日)のご報告

・「ゆとり」プラン6プレートのご依頼

→1～4プレートは3営業日、5、6プレート目は6営業日(3+3営業日)のご報告

※到着日を0営業日として納期計算

また、別日にご依頼いただいた場合で、さらに前回ご依頼いただいた分の出荷が済んでいない場合には、前回ご依頼いただいた分の最終出荷日を到着日として計算させていただきますので、予めご了承ください。

あらかじめご了承ください。

その場合には、解析受注のご報告時に加算した納期をご連絡させていただきます。

設計の際には、下記をご参考いただければ幸いです。

その他、ヘアピンなどの2次構造の形成、プライマーダイマーの形成、非特異的アニーリングが起こらないように設計してください。また、弊社ではアニーリング温度を通常50 ℃に設定しております。

ただし、シーケンス結果に影響を及ぼすことがございます（バックグラウンドが生じるなど）。

ノーマル解析、ワンパス解析、ワンパス8連解析、ワンパスプレート解析のみがご利用可能となります。

※ご希望いただければ、弊社で使用しておりますユニバーサルプライマーの配列をお知らせいたします。