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DNA/RNA受託合成　～よくある質問(FAQ)～

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(1)ご依頼方法について

▼Q、どのように注文すればよいですか？
A. 弊社、【 受託サービスログインサイト 】より、ご依頼いただけます。
ログイン後、メニューの[DNA/RNA合成]→[オリゴDNA注文]をよりご依頼をお願いいたします。
※初回ご利用時には、同サイトの【 新規ユーザー登録 】よりご登録の上、ご利用ください。
※ご注文方法につきましては、【 Webサイトのご注文方法 】をご参照ください。
また、受託サービスログインサイトのご利用が難しい場合は、以下メールアドレスまでお問い合わせください。
▼Q、各スケールの特徴を教えてもらえませんか？
A. 弊社のスタンダードな合成スケールは「ウルトラオリゴ」です。
その他にもお客様のご利用用途に合わせて、全部で4種類の合成スケールをご用意しております。
ウルトラオリゴ PCRやシーケンスプライマーのご利用に合わせた弊社のスタンダードオリゴです。
定額オリゴ 30 baseまで1本990円の定額制オリゴです。（Webサイトからの注文限定）
ミディアムオリゴ 短い鎖長ではウルトラや定額より高収量で一部の修飾にも対応しています。
ノーマルオリゴ すべての修飾、各精製に対応しています。RNAもノーマルオリゴの扱いとなります。
なお、合成スケールによって対応可能な塩基鎖長、精製グレード、収量、修飾の可否などが異なります。
各合成スケールの詳細につきましては、以下ページをご参照ください。
▼Q、精製グレードは何を選択すればよいですか？
A. 弊社ではスタンダードな精製グレードに「逆相カラム精製」を採用しております。
PCRやクローニングといった幅広いご実験にご利用いただけます。
より高純度な製品をご希望の場合は、「HPLC精製」や「PAGE精製」をお勧めしております。
また、修飾を付加する場合、選択する修飾の種類により対応出来ない精製グレードがございます。
修飾と対応可能な精製グレードの組み合わせについては以下をご参照ください。
▼Q、固定量出荷と全量出荷とは何ですか？
A. 弊社ではスタンダードな製品（未修飾の逆相カラム精製）の保証収量を10nmolとしております。
10nmol保証の製品については、出荷時の収量を＜固定量＞及び＜全量＞からご選択いただけます。

＜固定量出荷＞

保証収量（10nmol）分を出荷いたします。
10nmol 固定量での出荷の場合、溶解する溶液量が一律となるので溶解作業が簡便です。
乾燥出荷の場合は特に指定がない場合、固定量出荷での対応となります。

＜全量出荷＞

精製後に得られた全量を出荷いたします。
溶液出荷の場合は特に指定がない場合、全量出荷での対応となります。
▼Q、MIX塩基の注文は出来ますか？どのように依頼すればよいですか？
A. MIX配列につきましては、追加料金なしでご注文いただけます。
ご依頼時は以下のとおりご入力ください。
R A+G
Y C+T
M A+C
K G+T
S C+G
W A+T
H A+C+T
B C+G+T
V A+C+G
D A+G+T
N A+C+G+T
▼Q、注文内容の変更やキャンセルはできますか？
A. ご注文内容の変更やキャンセルにつきましては、以下の規定にて対応させていただきます。
翌日到着分のご注文 →ご注文当日の20時30分まで
上記（翌日到着）以外のご注文 →ご注文翌日の正午（12時）まで
ご変更内容により、納期や金額が変更となる場合がございます。
また、1本1本完全な受注生産品でございますので、受注処理後すぐに製造を開始しております。
規定を過ぎてのキャンセルはお受けいたしかねます。
詳しくは、【ご注文のキャンセルについて】をご参照ください。
▼Q、登録情報とは異なる方（場所）に製品を届けたい場合はどのようすればよいですか？
A. 受託サービスログインサイトのご注文依頼入力画面にございます[お届け先]の項目にて、
「その他のお届け先」をご選択いただき、ご指定のお届け先をご記入ください。

A. 「受託サービスログインサイト」よりご依頼いただけます。
ログイン後、メニューの[DNA/RNA合成]→[プレート注文]よりご依頼をお願いいたします。
プレートオリゴの詳細は以下ページをご参照ください。

(2)製品について

▼Q、オリゴはどのように保存すればよいですか？
A. 乾燥状態であれば常温で数ヶ月は安定いたします。
TE bufferに溶解した場合、数日の保存では4℃で問題ありませんが、
それ以上の保存、または滅菌水で溶解した場合ではマイナス20℃での保存をお勧めいたします。
6ヶ月以上の長期保存については、乾燥状態でマイナス80℃の保存をお勧めいたします。
DNA溶液については、凍結融解の繰り返しにより物理的に分解する可能性がございますので
分注して保存することをお勧めいたします。
▼Q、チューブの中に何も入っていないように見えますが、製品は入っていますか？
A. 乾燥状態のオリゴDNAは、パウダー状、透明なフィルム状、ペレット状となり、目視で確認が困難な場合がございます。また合成スケールによってはチューブの体積の制約上、乾燥した製品がフィルム状にならず、粘稠なシロップ状になることもあります。
尚、輸送中に蓋や壁面に付着することがございますので、ご使用前に必ず数秒間スピンダウンを行ってください。
▼Q、乾燥状態で注文した製品は、どのように溶解すればよいですか？
A. TE bufferに溶解することをお勧めいたします。
TE bufferの組成は、10mM TrisHCl-1mM EDTA, pH8.0です。
乾燥させたDNAは溶解しにくい場合があり、溶解後すぐには細かいDNAの沈殿が
確認されることがあります。この場合は、4℃で一晩程度保管すると完全に溶解します。
尚、実験によっては、EDTAが悪影響を与える場合がありますので、その際は滅菌水（※）に
溶解してご利用ください。
※長期保存には不向きですので早めにご利用ください。
▼Q、乾燥状態の製品を溶かす溶液の量が分かりません。
A. 依頼合成報告書に溶解する為の「buffer量」を記載しております。
「buffer量」に記載している液量(μl)で溶解いただくと100uMの濃度となります。
尚、依頼合成報告書は、【 受託サービスログインサイト 】からのダウンロードしてご利用ください。
ログイン後、メニューの[DNA/RNA合成]→[合成報告書ダウンロード（注文一覧）]より
依頼合成報告書がダウンロード可能です。
▼Q、受け取った未修飾オリゴが着色していました。製品不具合ですか？
A. 乾燥品では濃縮された製品が着色している場合がありますが、塩基などの組成によって起きる現象です。製品の品質に問題はありません。
▼Q、蛍光標識オリゴの取り扱い方法について教えてください。
A.蛍光標識は光による退色が発生する場合がありますので、長時間、光にさらさないようにハンドリングしてください。作業時の光退色を防ぐには、出荷時に提供しておりますアンバーチューブに入れておく、透明なチューブに移した場合は、アルミホイルでチューブを包んでからハンドリングしてください。溶解後は分注するなどして、凍結融解の頻度を少なくするようにしてください。また、凍結時は氷上に静置し徐々に融解させるなど、急な融解を避けるようにしてください。保管する場合は-20℃にて保管してください。製品の到着後、早めのご使用をお勧めします。
ローダミン系蛍光標識などの蛍光標識オリゴは、凍結・融解を繰り返すと標識された蛍光色素とDNAリン酸残基を結ぶリンカー部分である酸アミド結合やイソチオシアネート結合が加水分解される場合があります。Cyanine 5や類似構造を持つ蛍光色素は酸化により分解されて退色が見られる場合があります。この場合、改めてご注文いただいての御使用をお願いいたします。
▼Q、どのように収量の測定を行っていますか？
A. 合成・精製が完了したオリゴDNAは、その一部を抜き取り、希釈した後に吸光度計でODを測定しております。
96本単位で製造するハイスループット品（主に未修飾のプライマー）については、プレート単位で測定しており、
１サンプル（1Well）に対し9点での測定を行い、その平均値を取ることにより測定の誤差を無くしています。
また、得られたOD値を製造管理システムに取り込み、塩基組成や配列に基づきモル収量、μgなどを計算しています。
OD260=1.0の場合、一般に一本鎖DNAは30～37μg、二本鎖DNAは50μg、RNAは40μgに相当すると言われていますが、オリゴヌクレオチドの場合は、各塩基によりそれぞれの吸光係数（※）は大きく異なるため、塩基組成による補正を行っております。
※吸光係数は、pH=7.0の時に値を用いており、pHやイオン強度の影響を受けることがあります。
▼Q、品質チェックはどのように行っていますか？
A. 全製品につきまして、TOF-MASSもしくはキャピラリー電気泳動による純度チェックを実施しております。
▼Q、チオール化DNAの取扱いについてどのようになっていますか？
A. チオール化DNA（SH修飾）は保管中・保存中の酸化反応を防止する為に、保護基をつけた状態で出荷しております。
脱保護、還元方法については、出荷時に還元方法の説明書と脱塩カラム（NAP5）を添付しておりますので、ご使用直前にお客様ご自身で還元とその後の脱塩処理を行っていただきますようお願いいたします。
▼Q、出荷予定日を過ぎても製品が届かない場合はありますか？
A. オリゴDNA合成は、完全受注生産での対応となり、厳格な品質基準の元で製造を行っております。
品質確認の結果、基準に満たない場合は再合成を行うことにより、出荷予定日に間に合わず遅延になる場合がございます。
また、予期せぬ交通障害などの影響によりお届けが遅れる場合もございます。
出荷予定日に間に合わず遅延になる場合は、遅延連絡のメールにて、改めて次の出荷予定日をご連絡させていただきます。
▼Q、プライマー配列に変異が生じることはありますか？
A. 製品の品質には細心の注意を払い製造を行っておりますが、化学合成の特性上ごく稀に塩基の欠損や置換といった変異が生じる事がございます。
クローニングなどにご利用される場合では複数のクローンを拾いシーケンスをご確認いただくことを推奨しております。
▼Q、納品されたプライマーに変異が生じていた場合、返品・交換は出来ますか？
A. シーケンス解析によりプライマー部分に変異が生じていた場合、該当のロット番号と共に変異状況の詳細（変異が生じた箇所や解析クローン数）などを以下メールアドレスまでご連絡ください。
製造状況を確認の上、無償にて再合成をさせていただきます。また着払い伝票を同封した返送用資材を手配させていただき、製品返却のご協力をお願いする場合がございます。
尚、本製品に問題があった場合の弊社の責任は、製品の交換に限られるものとさせていただきます。
▼Q、MSDS(製品安全データシート)はありますか？
A. ございます。こちらからダウンロードしてください。

(3)サービス内容、技術的内容について

▼Q、DNAの合成方法は、どのように行っていますか？
A. DNA合成機を用いて、3’末端から5’末端の方向に合成を進めていきます。
詳細につきましては、以下ページをご参照ください。
▼Q、5’末端にリン酸基はついていますか？
A. 出荷するオリゴ製品は両末端ともに水酸基（OH基）の状態となります。
ご希望の場合は、修飾でリン酸化（Phosphate）をご指定ください。
▼Q、何baseまで合成できますか？
A. DNAの場合、最大鎖長150 baseまでの合成が可能です。
RNAの場合、ｓsRNA・2’-O-MeRNA・各種キメラは最大鎖長50 base、
dsRNAは最大鎖長30 baseまで合成が可能です。
配列の内容によりましては最大鎖長を超える合成も可能でございます。
最大鎖長以上の合成をご希望の場合は、該当の配列情報をご記入いただき、以下メールアドレスまでお問い合わせください。
▼Q、10 base未満のオリゴは合成できますか？
A. 5 base以上の配列については実績がございます。
しかしながら、収量が極端に得られない場合がございます。
配列、精製グレードおよび収量（ODまたはモル数）をご連絡いただいた後、
合成の可否を含めて回答させていただきます。
5 base未満のご依頼につきましてはお受けできかねる場合がございますので、予めご了承ください。
▼Q、保証収量の「10 nmol」とは、どういうことですか？
A. 従来のOD保証の場合、目的産物が含まれる割合は塩基鎖長が長くなるにつれて相対的に少なくなっていきますが、 弊社では、未修飾・逆相カラム精製品につきまして、塩基鎖長を問わず10 nmol分の収量を保証しております。
さらに、固定量出荷で100 μMに濃度調整する場合、必要な液量は100 μlとなり、溶解作業が簡便となります。
▼Q、HPLC/PAGE精製でMIX配列を注文できますか？
A. 以下内容をご確認ください。
＜HPLC精製の場合＞
MIX配列では、HPLC精製時に高さの異なる複数のピークが検出される事がございます。
本来HPLC精製はシングルピークを分取するのが目的のため、お受けしておりませんが、 複数のピークを全て分取し、混在したものを出荷することをご了承いただいた場合のみお受けしております。
修飾品については、修飾基が付加されたDNAがシングルピークとして出現しますので、お受けしております。
＜PAGE精製の場合＞
お受けすることは可能ですが、泳動バンドがシャープなシングルバンドとならず、
純度保証をいたしかねる場合がございますので、予めご了承ください。
▼Q、2本鎖で注文することはできますか？
A. 弊社では「ノーマルオリゴ」にてアニーリングの対応をしております。  

 

DNAの場合は、アニーリング料金として1組あたり￥2,000加算となり、追加の納期をいただいております。
ご注文時、全体修飾で「Annealing」をご選択ください。また、相補鎖配列のご入力も必要となります。
RNAの場合は、dsRNAとしてご注文をお受けいたしております。
dsRNAにつきましては、以下ページをご参照ください。
▼Q、RNAやキメラなどの注文はできますか？
A. 高品質なssRNA/各種キメラを低価格にてお受けいたしております。
リボヌクレアーゼ耐性を持つ2′-O-MeRNAやdsRNAもご提供可能です。
詳細につきましては、以下ページをご参照ください。
▼Q、大量に収量が欲しいのですが、注文できますか？
A. セミ・ラージスケールにて、大量収量の合成をお受けしております。
ご注文いただく場合、スケールは「ノーマルオリゴ」をご選択のうえ、
備考欄にご希望の収量をご記入ください。
詳細につきましては、以下ページをご参照ください。
尚、修飾品やRNA合成につきましては、以下メールアドレスまでお問い合わせください。
▼Q、分子量はどのように計算を行っていますか？
A. 【分子量計算式】は以下となります。
(A×313.2) + (C×289.2) + (G×329.2) + (T×304.2) + (U×290.2) + (I×314.0) +
(N×309.0) + (B×307.5) + (D×315.5) + (H×302.2) + (K×316.7) + (M×301.2) +
(R×321.2) + (S×309.2) + (V×310.5) + (W×308.76) + (X×309.0) + (Y×296.7) -62
修飾品の分子量につきましては、以下ページをご参照ください。
▼Q、依頼合成報告書に修飾の分子量は入っていますか？
A.依頼合成報告書に記載しております分子量は一部を除いて修飾物質の分子量の情報を考慮しておりません。計算が考慮されている修飾、ならびにその他修飾品の追加分子量は以下をご参照ください。
参考：ISO 20688-1:2020　Biotechnology — Nucleic acid synthesis — Part 1: Requirements for the production and quality control of synthesized oligonucleotides
▼Q、修飾オリゴの吸光度測定を行う場合、モル数に影響はありますか？
A. 依頼合成報告書記載のモル数は修飾物質の値を考慮しておりませんが、測定領域（２６０nm）単一分子のモル数とみなしているので影響は大きくありません。
BiotinやAminolinkなどの非蛍光の修飾物質につきましては、核酸定量の波長域(260 nm)では吸収されないものなので紫外吸光度による定量に影響をあたえません。
一部の蛍光標識では260nmに吸収を持つ場合もありますが、核酸を定量する260 nmにおいて、平均的な核酸一分子のモル吸光度定数と比較して蛍光標識のモル吸光度定数は1/3~1分子程を示す値となります。標識化されたDNA 20量体の場合では、260 nmの測定では核酸分子全体に対する標識の比率は2.5~5%以内となります。実際の測定では、その比率の差は誤差範囲内となります。 

 

▼Q、Tm値はどのように計算を行っていますか？
A. GC%法と最近接塩基対法（Nearest Neighbor method）を依頼合成報告書に記載しております。
■GC%法の計算式は以下となります。
GC%法の計算式
【Na+】Na+のモル濃度[mol/l]（弊社では60 mMで計算しています）
【XG,XC】GおよびCのモル分率
【L】二本鎖を形成する部分のオリゴヌクレオチドの長さ
■最近接塩基対法の計算式は以下となります。
最近接塩基対法の計算式
【ΔH】ハイブリッドにおける最近接エンタルピー変化の合計[kcal/mol]
【－10.8】ΔS(initiation)[cal/mol・K]
【ΔS】ハイブリッドにおける最近接エントロピー変化の合計[cal/mol･K]
【R】気体定数（1.987 cal/deg・mol）
【Ct】オリゴのtotalモル濃度[mol/l]（弊社では0.5 μMで計算しています）
【Na+】Na+のモル濃度[mol/l]（弊社では60 mMで計算しています）
▼Q、修飾一覧にない修飾も注文できますか？
A. 一覧にない修飾について、可能な限り対応させていただきますので、
以下メールアドレスまでお問い合わせください。
▼Q、受付可能な最大鎖長である150 baseより長いDNAは合成出来ますか？
A. 配列の内容にもよりますが、化学合成では理論上200 base程度までのDNAを合成することが可能です。
しかしながら弊社の品質検査では合成の可否、及び純度の保証が出来かねる為に150 baseまでの受付としております。 上記点をご了承いただける場合、価格と納期をご相談の上お受けさせていただきます。
▼Q、受付可能な最大鎖長である50 baseより長いRNAは合成出来ますか？
A. 配列の内容にもよりますが、弊社では70 base程度の合成実績がございます。
しかしながら51 base以上のRNA合成では合成効率が低下する傾向にあり、保証収量を制限させていただく場合がございます。 価格と納期をご相談の上お受けさせていただきます。
尚、上記化学合成とは別にin vitro転写反応による長鎖RNA合成も承っております。詳細につきましては以下までお問い合わせください。
▼Q、見積りをお願いしたいのですが、どのように依頼したらよいですか？
A.WEBサイトから簡単にご依頼いただけるようになりました！
①【 受託サービスログインサイト 】へログイン
※初めてご利用のお客様は、「新規ユーザー登録」よりお客様情報のご登録をお願い致します。
ご登録後、すぐにご利用いただけます。
②オリゴDNA/RNA合成より「お見積もり依頼【直接入力】」をクリック
③お見積もり内容をご登録
内容を精査し、見積書を作成してご連絡いたします。
WEBサイトから見積書の内容をそのままご注文いただけます。
———————————————-
メールでご依頼の場合、見積り専用フォーマットに必要事項をご記入いただき、以下メールアドレスまでご送付ください。

(4)WEBサイト「受託サービスログインサイト」について

▼Q、ログインするためのパスワードが分かりません
A. 【パスワード確認依頼フォーム】にてお問い合わせください。
ログイン画面のパスワード入力欄下にございます、「パスワードがご不明の場合は こちら をクリックしてお問い合わせください。」より 依頼フォーム画面が開きますので、必要事項をご記入いただき、お問合せください。
▼Q、登録情報の変更はどのようにしたらよいですか？
A. ログイン後、画面上方にございます[登録情報の確認・変更]よりご変更ください。
変更が完了いたしましたら、自動配信メールが届きますので、合わせてご確認ください。
※データ反映にお時間がかかる場合がございます。予めご了承ください。
▼Q、配送状況はどのように確認したらよいですか？
A. ログイン後、[DNA/RNA合成]→[合成報告書ダウンロード（注文一覧）]にて、
該当のご注文受付Noをご選択いただくと注文詳細画面に配送業者・お問い合わせ送り状番号を
記載しておりますので、各配送業者の輸送状況の確認ページよりご確認ください。
また、出荷ご報告メールでも配送業者・お問い合わせ送り状番号をご連絡しております。
※バイク便の荷物のお問い合わせにつきましては、 宛にご連絡ください。
その他、ご不明点やご要望がございましたら、下記までお問い合わせください。
株式会社ファスマック　バイオ研究支援事業部　DNA/RNA合成担当
TEL:046-281-9901 FAX:046-281-9931

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