遺伝子解析技術を利用した微生物種の同定検査

微生物検査は食品・製薬業界等では重要な検査項目です。また、不良品が発生した場合の微生物同定検査では不良原因菌、衛生問題を起こした場合は病原菌の菌種を特定することで、汚染源の調査や危害に対して手段を講じることが出来ます。
細菌や真菌の分類・同定は、従来は顕微鏡下による形態観察や分離培養による方法などが行われています。しかし、培養法での同定は経験によるところが大きいといわれています。このような中、注目を集めているのが、遺伝子解析技術を利用した方法です。高い識別能や再現性が期待できる解析結果を得られるという利点があります。
ファスマックでは遺伝子解析技術を利用した微生物種の同定検査サービスを開始いたします。御社の品質管理に是非お役立て下さい。
価格表・検査ご依頼の方は以下のバナーをクリックしてください。
検査対象 細菌の16S rRNA遺伝子、あるいは真菌類のD2領域上の遺伝子をシーケンス解析し、NCBIが提供する標準菌株に基づく塩基配列データベースを用いたBLAST相同性検索または、Applied Biosystems社の「MicroSEQ IDシステムデータベース」と照合することで、微生物同定を行います。

検査項目

(1)< 細菌 16S前半(500bp) >

検査対象は細菌になります。16S rRNAの5’末端側の約500bpの塩基配列を決め、データベースとの相同性の高い上位10件をご報告いたします。

(2)< 細菌 16S全長(1,500bp) >

検査対象は細菌になります。16S rRNAの全長 約1,500bpの塩基配列を決めることで、細菌 16S前半(500bp)では菌種の特定が難しい場合でも、より詳細な情報が得られます。データベースとの相同性の高い上位10件をご報告いたします。

(3)< 真菌 D2領域(350bp) >

検査対象は真菌になります。真菌のD2領域 約300bpの塩基配列を決め、データベースとの相同性の高い上位10件をご報告いたします。

ご依頼について

検査手順

検査手順

(1)検体送付

シャーレの裏側に試験を行うコロニーを1箇所、黒マジックでマークして下さい。
※シャーレには検査依頼書と同じサンプル名を記載してください。
弊社は試料の単離サービスは行っておりません。純粋培養された菌株の生えたシャーレまたはフィルム培地をお送り下さい。
シャーレのふたが開かないようにビニールテープで封をした後、厚手のビニール等に入れ、検査依頼書と共にダンボールに梱包し、下記住所へ郵送して下さい。

検体の状態により下記の温度帯にて郵送ください。

シャーレ、ペトリフィルム:冷蔵

抽出DNA:冷凍

【送付先】
〒243-0021
神奈川県厚木市岡田3088ケーオービルA棟2階
(株)ファスマック 事業開発部 宛
TEL:046-280-5952

(2)DNA抽出

(3)PCR

検体コロニーからDNAを抽出し、PCRを行います。

【注意事項】

ユニバーサルプライマーを用いておりますので、細菌や真菌の種類によっては、増幅が困難な場合もございます。この場合、同定を行うことが困難となります。また、上記理由により、当社にて作業が進行不可能と判断された場合は、PCR増幅不可として7,000円/検体をご請求させていただき、解析を終了とさせていただきますので、予めご了承ください。

(4)シーケンス

シーケンサーを用いて、塩基配列を決定します。

【注意事項】

明確な波形が得られない場合は検査不能といたします。上記理由により、当社にて作業が進行不可能と判断された場合は、シーケンス解析不可として、細菌500および真菌D2では10,000円/1検体、細菌全長では20,000円/1検体、(MicroSEQ解析を選択した場合はシーケンス解析不可費用に加えて+1,000円/1検体)をご請求させていただき、解析を終了とさせていただきますので、予めご了承ください。

(5)データベースとの照合

シーケンスデータとNCBI公開塩基配列データベースまたは、MicroSEQ IDシステムデータベースを照合し、相同性の高い上位10件を結果としてご報告いたします。

報告例

 

価格および納期

◆標準仕様
*基本料金
細菌 16S前半 (500bp)、真菌 D2領域(350bp):12,000円/検体
細菌 16S全長(1,500bp):25,000円/検体
*納品物 :報告書
*納期 :営業日7日
◆オプション(基本料金にプラスしてご請求)
*特急コース(営業日4日):+15,000円/検体
*AB1ファイル(波形データ):+1,000円/検体
*FASTAファイル(配列データ):+1,000円/検体
*MicroSEQ解析:+1,000円/検体
検査項目変更(再検査オプション)については下記のフローチャートをご参照ください。
 

受託できないケース

(1)
臨床検体より分離された微生物の同定
(2)
人への病原性を有する、もしくは病原性を有する可能性のある微生物の場合、お断りすることがあります。この場合、検体は抽出済みDNAの状態でご依頼ください。
※抽出済みDNAの状態でご依頼いただく場合は検査可能です。また、GenCheckのような簡易抽出液の利用も可能です。

お問合せ先

検査に関するご質問やお問い合わせがございましたら、下記までご連絡下さい。
株式会社ファスマック 事業開発部
電話: 046-280-5952
email:mis@fasmac.co.jp