次世代シーケンス解析(MiSeq) 12Sアンプリコン解析の解析事例

魚類のDNAメタバーコーディングに使用されるMiFishを用いて解析した例を紹介いたします。

相模川水系の異なる時期で魚類相を解析した結果です。

相模川水系の複数地点にて採水を行い、ポリタンクにプールした。DNAの劣化を防ぐため、採水直後にオスバン消毒液(10 %塩化ベンザルコニウムを含む)を1 ml/L添加した*1。常温で持ち帰り、ラボにてM.Miya*2らの方法に従ってフィルトレーション、DNA抽出を行った。抽出したDNAを用いて、NGSライブラリ調製を行った。ライブラリ調製は8反復実施した。調整したライブラリはillumina社のMiseqでシーケンスを行った。得られたデータをMitoFishに供与してホモロジー検索を行った。

図1は8回のライブラリ調製で検出された魚種数を積み重ねたグラフです。検出される魚種数が増加していることが伺え、検出される魚種数を増やすためにPCR反復が有効であることが示唆されました*3,*4。

本解析はターゲットアンプリコン解析で承っております。以下のオプションも併せてご利用いただけます。