NGS AMPLICON SEQUENCING
ターゲットアンプリコン解析
DNAメタバーコーディングなど
定番のメタバーコーディングから独自のターゲット領域まで、研究目的に合わせたアンプリコン解析を、利用しやすいパッケージ価格でご提供します。 プライマー配列をご指定いただくことで、多様なターゲットに柔軟に対応。DNA抽出からのご依頼も承ります。
- 16S V3V4
- 18S V9
- ITS
- COI
- MiFish(12S V5)
- Custom target
PACKAGE & PRICE
パッケージ
Illumina MiSeq i100 Plus
2 × 300 bp
新登場した最新機種です! 詳細はこちら
70,000円 / 8サンプル
10~15営業日 ※QC・シーケンス・Qiime2標準解析のみの場合
従来のMiSeqでの解析も可能ですのでお申し付けください。
WORKFLOW
解析概要
お客様ご自身でPCRライブラリを調製される場合の、プライマー提供からシーケンス、データ可視化までの標準的な流れです。
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弊社
プライマーを無償提供
解析対象領域を増幅ターゲットとしたサンプル調製用プライマー(※1)を無償提供いたします。
1st PCR primer(F/R各1本)および2nd PCR primer set(F8本/R2本)。複数ターゲットの場合は、別途プライマー合成費用(実費)をいただく場合がございます。 -
お客様
PCRライブラリ調製
サンプル調製用プライマーを用いて、PCRによるライブラリ調製を行っていただきます。
プライマーの組合せで、最大16サンプルを識別できます。 -
お客様
精製・濃度測定・混合
サンプル毎に精製・濃度測定し、等量混合したライブラリ(※2)をお送りいただきます。
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弊社
受領サンプルのQC
受領サンプルについて、シーケンス解析の可否を判断するQC作業を行います。(※3)
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弊社
シーケンス
QCをパスしたライブラリミックスについて、MiSeq i100 series 2 × 300 bpでランを行います。
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弊社
解析・可視化
ANALYSIS & DELIVERABLES
解析および納品物について
QIIME2による解析
参照データベースはデフォルトで SILVA database を利用しております。他のデータベースをご希望の場合はご相談ください。また、DADA2アルゴリズムを利用した 「QIIME2」 での解析となります(2023/1/23現在)。以前解析に使用しておりましたQIIME1とは納品物に違いがありますのでご了承ください。
QIIME2納品データ例
納品データはfastqファイルやqzvファイル等になります。qzvファイルはQIIME2 Viewにてご確認ください。
OPTION SERVICES
オプションサービスと価格
上記パッケージに加えて、以下のオプションをご指定いただけます。
| 作業内容 | 対象・単位 | 価格 |
|---|---|---|
| DNA抽出から(※4) | 8サンプルまで | +40,000円 |
| 9~16サンプル | +60,000円 | |
| PCRから | 8サンプルまで | +20,000円 |
| 9~16サンプル | +30,000円 | |
| Library Mix調製 | 16サンプルまで | 無料 |
| 16サンプルあたり | +30,000円 | |
| レアファクションカーブと主座標分析(PCoA) | 1グループ | +10,000円 |
| OTUのBLAST解析 | ― | +30,000円 |
生菌に特化した群集構造解析
16Sアンプリコン解析では、生菌に特化した群集構造解析もオプションにて承っております。
解析事例はこちら| 内容 | 開始工程 | 価格 |
|---|---|---|
| RNAからの逆転写によるアンプリコン解析 | RNA抽出から | +35,000円 / サンプル |
| 逆転写PCRから | +20,000円 / サンプル | |
| EMAによるアンプリコン解析 (EMA処理→DNA抽出→PCR) | +35,000円 / サンプル | |
納品後データの再解析
納品後の解析データを使用した再解析なども承っております。
| 作業内容 | 解析内容 | 価格 |
|---|---|---|
| 納品後データの再解析 | QIIME2解析 | 1,000円 / サンプル |
| レアファクションカーブと主座標分析(PCoA)(※5) | 30,000円 / グループ |
注意事項
パッケージサービスでのサンプル調製は、弊社より提供するプライマーを使用してください。
サンプル調製の際に使用したプライマーセットが弊社よりお送りしたものと異なりますと、他のお客様とのインデックス情報の重複等により、サンプルの再調製や解析の順番待ちが必要になります。その場合、通常より納期が遅くなる可能性がありますことをご了承ください。
精製後のサンプルの中で一番低いライブラリの濃度に、他のライブラリ濃度を合わせてください。
お送りいただく等量混合済サンプルは 10 ng/µL、20 µL以上 でお願いします。
ライブラリの長さと量を測定する作業を、QC(quality control)作業として行っております。
QC作業の結果、サンプル調製に用いたプライマーの残存などMiSeqでの解析に問題があると判断した場合、弊社でライブラリの精製を行います(有償)。また、この時点で解析を行ってもデータが得られないと判断した場合は解析を中止させていただきます。※この場合のご請求は行いません。
DNA抽出は、対象生物やサンプルの状況によって方法を最適化する必要がございます。より良いデータを得るための非常に重要なステップであると位置づけております。
この観点から、弊社におけるDNA抽出ノウハウに乏しいサンプルについてはお断りさせていただく場合がございます。
一度納品したデータについて、サンプルをご指定いただき、QIIME等での系統解析、およびレアファクションカーブと主座標分析(PCoA)を行うサービスです。
複数のご注文からサンプルをご指定いただくことが可能です。
