DNB-SEQによる解析

DNB-SEQとは、MGI社が提供するショートリードのシーケンサーです。1ランあたり最大640Gのシーケンスデータのアウトプットを実現し、イルミナ社のシーケンサーと変わらないデータクオリティとなっております。

 

弊社はDNB-SEQの中でも中出力機器であるDNB-SEQ400を導入しました。DNB-SEQの導入により、大規模なシーケンシングが可能となり、真核生物に向けたサービスを幅広く提案していきます。

 

またRNA-seq(トランスクリプトーム)やゲノムドラフトなど既存のサービスもDNB-SEQに置き換えれば安価、データ増量、多検体解析を実現できます。


 


価格

納期は共有ランが30営業日、専有ランは20営業日が目安となります。
(1)DNB-SEQでのラン

作業内容 価格 データ量 (G)
*理論値
リード数(pair)
*理論値
専有ラン(2×150bp) ¥730,000 480 1600M
1レーン専有ラン(2×150bp) ¥220,000 120 400M
共有ラン(2×150bp) ¥68,000 15 50M

(2)サンプル調製費用、クオリティチェック費用
項目 価格
QC(quality control)作業[必須] 濃度・品質チェック 16サンプルまで \30,000
DNAのライブラリ調製 DNB-SEQラン用 1サンプルあたり\15,000
RNAのライブラリ調製 DNB-SEQラン用 1サンプルあたり\25,000
  • ご依頼の流れ

    ①お見積り依頼

    ngs@fasmac.co.jp までご要望の解析内容をお知らせください。
    ②ご依頼
    弊社Webログインサイトより事前にサンプル情報等をご登録ください。
    ③サンプル送付
    ログインサイト登録後に自動配信されるメールを印刷し、サンプルにご同梱ください。
    ④弊社での受け入れ
    ご同封いただいたサンプルシートとサンプルを照合し、注文受付いたします。
    ⑤解析、納品

    解析例

    ・全ゲノムシーケンス

    ラージサイズのゲノム解析をベースにマッピングや変異解析(SNP)などが指定可能です。真核生物におすすめです。
    【参考価格】
    真核ゲノム1サンプル(カバレッジ30)、アセンブルとコンティグを含んだ場合:¥305,000(税抜き)
    *内訳→QC費用:¥30,000+ライブラリ調製費用:¥15,000+1レーン専有(2×150bp):¥220,000+アセンブルとコンティグ作成:¥40,000

    ・RNA seq解析(トランスクリプト―ム)

    発現量算出(TPMやFPKM)に加えて、発現比較解析やgo解析、ヒートマップ作成などを行います。DNB-SEQであればお求めやすい価格で多検体の解析を実現できます。
    【参考価格】8サンプル、TPMによる発現量算出の場合:\446,000(税抜き) *1サンプルあたり\55,750
    *内訳→QC費用:\30,000+ライブラリ調製費用:\25,000×8+共有(2×150bp)×2:¥136,000+発現量算出:\10000×8

    イルミナ社製Next-seqとDNB-SEQの比較(RNA-seq)

    ヒト培養細胞から抽出したTotal-RNAを用いて、RNA-seq用のライブラリ調製をそれぞれのプラットフォームの推奨に従って実施し(2反復)、ランを行いました。そして取得したデータについて遺伝子発現量の算出を行い、プラットフォーム間での発現量比較を行いました。
    シーケンスの統計情報   Next-seq:2×75bp /DNB-SEQ: 2×100bp
    Sample name Number of reads Paired, mapped % Paired, not mapped % Mapped to genes % Mapped to intergenic % mRNA (%)
    DNB-SEQ_1 45,722,649 96.56 0.83 97.75 2.25 100
    DNB-SEQ_2 56,856,171 96.51 0.84 97.79 2.21 100
    Next-seq_1 30,212,140 93.14 2.92 98.66 1.34 100
    Next-seq_2 24,473,703 92.78 2.95 98.69 1.31 100
    遺伝子発現の相関を解析したところ、両プラットフォーム間で高い相関係数を示しました(Fig.1)。またFig.2では各プラットフォームで検出した遺伝子の違いをベン図で示しています。結果、非常にきれいに重なっており、検出した総遺伝子の内、96%以上が共通して検出された遺伝子でした。
    Fig.1 遺伝子発現の相関ヒートマップ
    Fig.2 ベン図での遺伝子の比較(TPM1以上)

    DNB-SEQとイルミナシーケンサー、どちらがよいか迷ったら

    例えばMiseqはDNB-SEQよりも読み取り長の面で優れており、弊社の主力サービスであるアンプリコン解析では欠かせません。またゲノムドラフトでもロングリードの方がコンティグ形成に寄与します。ゲノムサイズが小さいもの(ウイルスや原核生物など)の場合にはMiseqがおすすめです。お客様のご用途とご要望に応じてこちらで判断し、最適なプランを提案させていただきますのでご安心ください。

    【問い合わせ】
    株式会社ファスマック 次世代シーケンス解析サービス
    〒243-0021 神奈川県厚木市岡田3088 ケーオービルA棟4階
    TELL:046-281-9909/FAX 046-281-9931