DNB-SEQによる解析

DNB-SEQとは、MGI社が提供するショートリードのシーケンサーです。1ランあたり最大640Gのシーケンスデータのアウトプットを実現し、イルミナ社のシーケンサーと変わらないデータクオリティとなっております。

弊社はDNB-SEQの中でも中出力機器であるDNB-SEQ400を導入しました。DNB-SEQの導入により、大規模なシーケンシングが可能となり、真核生物に向けたサービスを幅広く提案していきます。

またRNA-seq(トランスクリプトーム)やゲノムドラフトなど既存のサービスもDNB-SEQに置き換えれば安価、データ増量、多検体解析を実現できます。

DNB-SEQによる解析サービス開始を記念してお試しキャンペーンを開催!この機会に是非お試しください!

【期間】2021年9月1日~2021年11月 受付分まで
【価格】30% OFF!!


価格

納期は共有ランが30営業日、専有ランは20営業日が目安となります。
(1)DNB-SEQでのラン
作業内容価格データ量 (G)
*理論値
リード数(pair)
*理論値
専有ラン(2×100bp)¥550,000 ¥385,0003201600M
専有ラン(2×150bp)¥730,000 ¥511,0004801600M
専有ラン(2×200bp)¥910,000 ¥637,0006401600M
1レーン専有ラン(2×100bp)¥160,000 ¥112,00080400M
1レーン専有ラン(2×150bp)¥220,000 ¥154,000120400M
1レーン専有ラン(2×200bp)¥270,000 ¥189,000160400M
共有ラン(2×100bp)¥55,000 ¥38,5001050M
共有ラン(2×150bp)¥68,000 ¥47,6001550M
共有ラン(2×200bp)¥85,000 ¥59,5002050M
(2)サンプル調製費用、クオリティチェック費用
項目価格
QC(quality control)作業[必須]濃度・品質チェック16サンプルまで
\30,000 \21,000
DNAのライブラリ調製DNB-SEQラン用1サンプルあたり
\15,000 \10,500
RNAのライブラリ調製DNB-SEQラン用1サンプルあたり
\25,000 \17,500

ご依頼の流れ

①お見積り依頼
ngs@fasmac.co.jp までご要望の解析内容をお知らせください。
②ご依頼
弊社Webログインサイトより事前にサンプル情報等をご登録ください。
③サンプル送付
ログインサイト登録後に自動配信されるメールを印刷し、サンプルにご同梱ください。
④弊社での受け入れ
ご同封いただいたサンプルシートとサンプルを照合し、注文受付いたします。
⑤解析、納品

解析例

・全ゲノムシーケンス

ラージサイズのゲノム解析をベースにマッピングや変異解析(SNP)などが指定可能です。真核生物におすすめです。
【参考価格】
真核ゲノム1サンプル(カバレッジ30)、アセンブルとコンティグを含んだ場合:¥305,000(税抜き)
*内訳→QC費用:¥30,000+ライブラリ調製費用:¥15,000+1レーン専有(2×150bp):¥220,000+アセンブルとコンティグ作成:¥40,000

・RNA seq解析(トランスクリプト―ム)

発現量算出(TPMやFPKM)に加えて、発現比較解析やgo解析、ヒートマップ作成などを行います。DNB-SEQであればお求めやすい価格で多検体の解析を実現できます。
【参考価格】8サンプル、TPMによる発現量算出の場合:\446,000(税抜き) *1サンプルあたり\55,750
*内訳→QC費用:\30,000+ライブラリ調製費用:\25,000×8+共有(2×150bp)×2:¥136,000+発現量算出:\10000×8

イルミナ社製Next-seqとDNB-SEQの比較(RNA-seq)

ヒト培養細胞から抽出したTotal-RNAを用いて、RNA-seq用のライブラリ調製をそれぞれのプラットフォームの推奨に従って実施し(2反復)、ランを行いました。そして取得したデータについて遺伝子発現量の算出を行い、プラットフォーム間での発現量比較を行いました。
シーケンスの統計情報   Next-seq:2×75bp /DNB-SEQ: 2×100bp
Sample nameNumber of reads Paired, mapped %Paired, not mapped % Mapped to genes %Mapped to intergenic %mRNA (%)
DNB-SEQ_145,722,64996.560.8397.752.25100
DNB-SEQ_256,856,17196.510.8497.792.21100
Next-seq_130,212,14093.142.9298.661.34100
Next-seq_224,473,70392.782.9598.691.31100
遺伝子発現の相関を解析したところ、両プラットフォーム間で高い相関係数を示しました(Fig.1)。またFig.2では各プラットフォームで検出した遺伝子の違いをベン図で示しています。結果、非常にきれいに重なっており、検出した総遺伝子の内、96%以上が共通して検出された遺伝子でした。
Fig.1 遺伝子発現の相関ヒートマップ
Fig.2 ベン図での遺伝子の比較(TPM1以上)

DNB-SEQとイルミナシーケンサー、どちらがよいか迷ったら

例えばMiseqはDNB-SEQよりも読み取り長の面で優れており、弊社の主力サービスであるアンプリコン解析では欠かせません。またゲノムドラフトでもロングリードの方がコンティグ形成に寄与します。ゲノムサイズが小さいもの(ウイルスや原核生物など)の場合にはMiseqがおすすめです。お客様のご用途とご要望に応じてこちらで判断し、最適なプランを提案させていただきますのでご安心ください。
【問い合わせ】
株式会社ファスマック 次世代シーケンス解析サービス
〒243-0021 神奈川県厚木市岡田3088 ケーオービルA棟4階
TELL:046-281-9909/FAX 046-281-9931