データのサイジングについて

peak scanner2を起動し、「start new project」をクリックします。
「Add Files」をクリックし、fsaデータファイルをソフトウェアにインポートします。
「Size Standard」(※1)に使用したサイズスタンダードを選択し、PCR産物の精製方法に応じて、下記の二種類の「Analysis Method」(※2)をご選択ください。
必要に応じて「fill down」を行い、「Analysis」にてサイジングします。

※1)「1200LIZ」「ILS500」「ILS600」の3種類のサイズスタンダードは、peak scanner2ソフトウェアには初期登録されておらず、新規登録する必要があります。方法は下記をご参照ください。 >>サイズスタンダードの追加設定につきまして

※2) Sizing Default-PP⇒PCR産物にプライマーが残存している場合 Sizing Default-NPP⇒PCR産物にプライマーが含まれていない場合(完全に除去されている場合)

サイジングでQualityが×になる場合の対処方法

サイジングを行った場合、まれにQualityカラムに×が表示され、波形が表示されない場合があります。

サイズスタンダードの特に低分子のピーク(600LIZの場合は20bpや40bpのピーク)が、プライマーピークやノイズピークと誤認された場合、正しく検量線が作成されないためです。

(※peak scanner画面左の「Edit Size Standards」をクリックすることで、サイズスタンダードの各ピークが正しくアサインしているか確認することができます。)

下記の方法(ⅠもしくはⅡ)でサイズスタンダードピークのアサインの修正が可能です。

再度サイジングを行うことで波形を表示できます。

＜サイジング不良の例＞

青丸：誤認ピーク　赤丸：本来のピーク

低分子のサイズスタンダードピークが、サンプルのプライマーピーク(ピンクのバーで表示)と誤認されてQualityが×表示になる

青丸：誤認ピーク　赤丸：本来のピーク

強度の低いノイズピークが、サイズスタンダードピークと誤認されてQualityが×表示になる

＜Ⅰ：サイズスタンダードを編集する場合＞

＜Ⅱ：サイズスタンダードのピークを直接修正する場合＞

お客様への納品物として波形データであるfsaファイルのほかに、オプションにてエクセルファイルによるピークサイズ値のデータ(サイジングデータ)をお送りしております。

サイジングデータは、サイズスタンダードピークの範囲内において検出される、全てのdyeのピークをRFU50以上にて検出しています。