Chip seq Rip seq 解析

Chip-seq はNGSを利用し蛋白質に結合したDNAシークエンス解析することによって網羅的にタンパク質の結合領域を同定することを可能としております。
またRip seqも同様に蛋白質に結合したRNAを解析することによって、タンパク質とRNAとの結合領域を同定することができます。これらの解析によってヒストン修飾などのエピジェネティックな修飾や転写後発現制御を、ゲノムワイドなスケールで網羅的に解析することができます。

解析概要

(1) (お客様)サンプル情報のご提供

ChIP-Seqでは、バックグラウンドのノイズを除去するために、input DNAやIgG-ChIP DNAなどのコントロールサンプルをご用意いただくことを推奨いたします。

(2)弊社にサンプル送付

タンパクを結合させた微量のDNA or RNAとサンプル情報を弊社へ送付ください。サンプルの品質確認後、ライブラリーを作製致します。

(3)ライブラリー調製※1

ライブラリーの濃度と品質を確認致します※2。

(4)シーケンス解析

ご希望によりIllmina社のNextSeq500またはDNBSEQ400を使用してシーケンシング解析を行い、ペアエンドリードを取得します。

(5)データ解析

Chip-seqの解析のツール (BowtieやCLC、MACS2 Homer)を用いてリファレンス配列にマッピング致します。その後ピークコール(結合領域の同定)や※3アノテーション情報も付加させデータを提供致します。
※1 RNAの場合はでcDNA合成後ライブラリー調製を行います
※2 DNA RNAのの状態やライブラリーの状態シーケンシング解析を行ってもデータが得られないと判断した場合は、中止させていただきます。 その場合の調製費用はいただきます。
※3 アノテーションの解析はオプション解析となります。

解析の流れ

シーケンス

クオリティファイルタリング

マッピング

ピークコール (結合領域の同定)

オプション

アノテーション モチーフ検索

納品データ例(マウスの細胞細胞株のBRD4のchip-seqデータを使用) 

Table.1結合領域のリスト結果
Chromosome Region Name Center of peak Length Peak shape score P-value 5′ gene 5′ distance 3′ gene 3′ distance
NT_18706459928..60267Peak6004334022.379953173.0855E-111Pisd-ps3238  
NW_0233378539567..9836Peak973727021.795271011.2863E-105LOC1185684790  
NC_00008340154969..40155216Peak4015510424817.937185433.022E-72Esp15198410LOC1185683121030
NC_00007748761652..48761864Peak4876176721317.90736465.16564E-72n-TLaag613769Irgm10
NC_0000855895235..5895488Peak589537425417.855505821.30949E-71Mascrna49225Neat10
NC_00007867106074..67106323Peak6710618925017.685973872.68919E-70Gm51994646375Mdga20
Fig.1モチーフ検索
Fig.2結合領域のマッピング

価格

データ解析 (マッピングを含む) 価格
ピークコール (結合領域の同定)1サンプル¥10,000
アノテーション1サンプル¥15,000
モチーフ検索1サンプル¥20,000

価格例

8サンプルご依頼の場合 (1サンプルあたり2600万リード)
納期:20営業日、1サンプルあたりの価格:¥97,500
内容価格
専有ラン(Nextseq(中出力) 2×75bp):¥270,000
サンプル調製:¥120,000 *4
QC(quality control)作業:¥30,000
ピークコール:¥80,000
アノテーション:¥120,000
モチーフ検索:¥160,000
合計金額¥780,000
※4 1サンプルあたり15,000円
1サンプルあたりのリード数やサンプルの調製、解析などお客様の実験プランに応じて最適なプランをご提案いたします。納期はサンプル数やデータ量に応じて変動いたします。