s シャローショットガンメタゲノム(SSM)解析とは? - FASMAC

シャローショットガンメタゲノム(SSM)解析とは?

シャローショットガンメタゲノム(SSM)解析は環境サンプル等に含まれるDNAを網羅的に解析し、生物群集構造を推定する手法の1つです。NGSで読み取るDNAのデータ量を抑えたシャロー(浅い)シーケンスが特徴で、ディープシーケンシングと比べて安価に解析することが可能です。プライマー選択も不要なため、サンプル中に含まれる種が不明な場合や、原核生物と真核生物など、分類群を超えた種の一括同定も可能です。また、特定の遺伝子領域に限らず、ゲノムワイドに解析を行うため、種レベルでの同定が可能であることも大きな特徴です。
大規模な環境サンプリングや迅速なDNAスクリーニングに適しているため、特定の種やDNA存在割合を調べるための最初の手がかりを得るために活用されています。また、生物群集の全体像を低コストで迅速に把握する目的でもご利用いただいております。

解析の流れ

  • (1)DNA抽出(ご希望のお客様のみ)
  • (2)サンプル濃度測定
  • (3)Total DNAのせん断
  • (4)アダプターライゲーションによるライブラリ調製
  • (5)ライブラリ濃度測定&サイジング
  • (6)DNBSEQ 2×150 bpでのラン
  • (7)データ解析

納品物例

解析結果をまとめたhtmlファイルの他に、次世代シーケンサーより出力されるリードデータおよび種のリスト・DNA存在割合をまとめたExcelファイル等を納品させていただきます。

基本パッケージとオプション

項目 価格(税別)
シャローショットガンメタゲノム解析
(ライブラリ調製からデータ解析まで)
3万円/サンプル
Total DNA抽出
(GenCheckでの抽出が標準となります)
2万円/8サンプル~
Total DNAの精製 1万円/16サンプル
ntデータベース への変更*1 1万円/サンプル
データ解析のみ
(fastqファイルでの受入)
1万円/サンプル
※1.
標準データベース(アーキア・バクテリア・ウィルス・プラスミド・ヒト・原生動物・真菌・植物)に含まれる生物種は下記よりご確認いただけます。標準データベースにご注目されている生物種が含まれていない場合、より網羅的なnt databaseに変更しての解析も可能です。
ntデータベースについてはファイルサイズが大きいため、別途メール等にてご案内させていただきます。

ご依頼方法

①見積依頼

お見積書を作成させていただきますので、下記の項目をメールにてご連絡ください。
【解析内容】:SSM解析
【サンプル数】:
【サンプル形態】:生試料*2 / 抽出DNA / fastqファイル *3
【データベース】:標準データベース / nt データベース
【注目されている生物群】:任意となります
*2
抽出からご依頼いただける場合は、試料の詳細についてもお教えください。抽出に使用するキットはGenCheck DNA Extraction Kit [TypeS/F](Fasmac)を標準採用しておりますが、キット等のご希望がございましたらあらかじめご指定ください。
*3
他社あるいはお客様にて出力されたfastqファイルも受け入れ可能です。
解析にあたってご不明な点がございましたら、お気軽にお問い合わせください。
NGSグループより2営業日以内にご連絡をさせていただきます。

②サンプル準備・送付

サンプルの推奨DNA量は10 ng/μl 以上・50 μlです。DNA量が少ない場合でも解析可能ですので、事前にご相談ください。お見積内容をご確認の上、冷凍便・平日着・着払いにて下記住所までサンプルをご郵送ください。ご郵送に合わせてログインサイト(ページ上部)からご注文ください。

③解析受注

サンプルのご到着後、弊社NGSグループより受注完了メールをお送りさせていただきます。DNA濃度の測定後、QC報告書をメールにてお送りいたします。

④解析結果の納品

解析完了後、ご登録いただいているご住所宛てにUSB/HDD等の電子媒体を発送させていただきます。ご依頼内容に応じて20~30営業日程度で納品させていただきます。
お問い合わせ先
株式会社ファスマック
バイオ研究支援事業部 NGSグループ
〒243-0021
神奈川県厚木市岡田3088 ケーオービルA棟4階