次世代シーケンス解析(MiSeq) 微生物ゲノムドラフト解析の解析事例
海洋研究開発機構 深海・地殻内生物圏研究分野の牧田寛子先生より、
新規海洋性プロテオバクテリアを提供いただき、解析した結果です。
次世代シーケンサーMiSeqを使用して、シーケンシング解析を行い、paired-endリードを取得しました。
取得された生リードをクオリティフィルタリングした後、アセンブルを行い、
さらにドラフトゲノム配列から遺伝子を予測しました。
生リード
7.3 M paired-endリード(2×300 bp)
- sickleを用いたクオリティフィルタリング
- SPAdesを用いたアセンブル
ドラフトゲノム配列
- Contig | 70 |
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- Scaffold | 70 |
- N50 [bp] | 105,204 |
- Longest [bp] | 249,769 |
- Total [bp] | 2,500,556 |
- GC [%] | 48.7 |
- prokkaを用いたオートアノテーション
(オプション解析)
アノテーションデータ
- 遺伝子数 | 2,417 |
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- rRNA | 6 |
- tRNA | 49 |
【納品データ】
生リード(fastq形式) | 【 ダウンロード 】
(ZIPファイル 338 KB) |
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ドラフトゲノム配列(ContigとScaffold) | 【 ダウンロード 】
(ZIPファイル 154 KB) |
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統計データ | 【 WEBブラウザで表示 】 | |
アノテーションデータ
(オプション) |
予測遺伝子の塩基配列 | 【 WEBブラウザで表示 】 |
予測遺伝子のアミノ酸配列 | 【 WEBブラウザで表示 】 | |
遺伝子アノテーション(gff形式) | 【 WEBブラウザで表示 】 | |
genbank形式データ | 【 WEBブラウザで表示 】 |