GenCheck® DNA Extraction Kit [TypeS/F]
GenCheckⓇ DNA Extraction Kit Type S/F は土壌及び糞便サンプルから DNA を抽出するためのキットです。抽出方法として界面活性剤による化学的な溶菌とBeads Beating による物理的な菌体破砕の併用を採用しています。また、DNA回収用メンブレンを装着したスピンカラムを用いた遠心操作でDNAを回収する方法を採用しており、簡便、迅速にDNA抽出を行うことが可能です。抽出した土壌 DNA 及び糞便 DNA は次世代シークエンサー解析やPCR-DGGE 解析を用いた土壌及び糞便微生物の群集構造解析や土壌診断、腸内細菌叢の解析等に適しています。
※ビーズによる物理破砕作業の環境がない方へ必見!破砕作業を弊社がリーズナブルな価格で請け負います。お気軽にご相談ください。
![](http://fasmac.co.jp/GM/kit/images/Gencheck-gaikan.gif)
![](http://fasmac.co.jp/GM/kit/images/Gencheck-naiyou.png)
特徴
- (1)化学的な溶菌と物理的な菌体破砕を併用
- (2)Beads Beatingにより強固な細胞壁を持つ微生物からもDNA を抽出することが可能。
- (3)エタノール沈殿による核酸調製は不要であり、簡便、迅速にDNA抽出
内容
商品名 | 商品コード | 容量 | 価格(税別) |
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GenCheck® DNA Extraction Kit[TypeS/F] | GC002-1N | 50回用 |
55,000円 |
常温保存 常温流通 使用期限:製造から2年
使用方法
![](http://fasmac.co.jp/GM/kit/images/Quickstartguide.png)
実験例
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実験例1: 本キットを用いて黒ボク土、火山灰から抽出したDNA溶液の吸光度測定結果
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実験例2: 実施例1のDNA溶液を用いたPCR結果
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●酵素:ExTaq polymerase/Takara●プライマー:27F/1492R●DNA鋳型量:1 ng/µl 5 µl使用(20 µl反応)/20 cycle
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実験例3: 抽出方法の比較
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黒ボク土壌および火山灰土壌について、以下の条件にて2反復で抽出を実施。抽出したDNAをもとにライブラリ調製を行い、次世代シーケンサーに供与して、得られたデータについて菌叢解析を行った。※条件1がキットのプロトコールに従った条件
bead破砕 Lysis solution 条件1 + + 条件2 - + 条件3 + -(※1) 1.Qubitによる濃度測定結果 (ng/µl)
●酵素:ExTaq polymerase/Takara●プライマー:16SV4領域増幅プライマ―●1stPCR条件:1ng/µl 5µl使用(20 µl反応/20 cycle) ※1 ng/µlに満たないものは、DNA抽出原液を5 µl使用●2ndPCR条件:1stPCR product 2 µl使用(20 µl反応/8 cycle)※1:アルカリ処理※2:“-beads”→条件2/“-Surfactants”→条件3
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実験例4: 糞便サンプルでの本キットの利用
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乳児の離乳食開始前後の糞便を採便管にて採取し、保存液から本キットでDNA抽出を実施。抽出したDNAをもとにライブラリ調製を行い、次世代シーケンサーに供与して、得られたデータについて菌叢解析を行った。
1.Qubitによる濃度測定結果(ng/µl)
●酵素:ExTaq polymerase/Takara●プライマー:16SV4領域増幅プライマ―●1stPCR条件:1 ng/µl 5 µl使用(20 µl反応/20 cycle) ※1 ng/µlに満たないものは、DNA抽出原液を5 µl使用●2ndPCR条件:1stPCR product 2 µl使用(20 µl反応/8cycle)条件 N=3 抽出後 ライブラリ調製後 離乳食開始1日前 180911_16_25_1 1.99 19 180911_16_25_2 2.31 32.4 180911_16_25_3 0.85 29.3 離乳食開始2日後 180914_16_38_1 2.33 24.5 180914_16_38_2 1.42 38.2 180914_16_38_3 1.34 32.3 離乳食開始1週間後 180919_16_07_1 1.17 34 180919_16_07_2 1.07 31.2 180919_16_07_3 1.48 31.6 離乳食開始2週間後 180926_17_45_1 1.49 24.6 180926_17_45_2 1.55 27.1 180926_17_45_3 2.2 27.5 離乳食開始3週間後 181002_16_45_1 1.85 32.1 181002_16_45_2 1.16 35.4 181002_16_45_3 1.07 30.3 2.菌叢グラフ
本解析はDADA2アルゴリズムを利用した「QIIME2」で実施いたしました。以下のブラウザにqzvファイルをドラッグしてご覧いただけます。[Qiime2 view]>>qzvファイル
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