シャローショットガンメタゲノム（SSM）解析とは？

シャローショットガンメタゲノム（SSM）解析は環境サンプル等に含まれるDNAを網羅的に解析し、生物群集構造を推定する手法の1つです。NGSで読み取るDNAのデータ量を抑えたシャロー（浅い）シーケンスが特徴で、ディープシーケンシングと比べて安価に解析することが可能です。プライマー選択も不要なため、サンプル中に含まれる種が不明な場合や、原核生物と真核生物など、分類群を超えた種の一括同定も可能です。また、特定の遺伝子領域に限らず、ゲノムワイドに解析を行うため、種レベルでの同定が可能であることも大きな特徴です。

大規模な環境サンプリングや迅速なDNAスクリーニングに適しているため、特定の種やDNA存在割合を調べるための最初の手がかりを得るために活用されています。また、生物群集の全体像を低コストで迅速に把握する目的でもご利用いただいております。

解析結果をまとめたhtmlファイルの他に、次世代シーケンサーより出力されるリードデータおよび種のリスト・DNA存在割合をまとめたExcelファイル等を納品させていただきます。

④解析結果の納品

解析完了後、ご登録いただいているご住所宛てにUSB/HDD等の電子媒体を発送させていただきます。ご依頼内容に応じて20～30営業日程度で納品させていただきます。