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会社情報【NGS専用】384 Unique Dual Index Primer Set【2ndPCRプライマー販売】
384Unique Dual Index Primer Set
384サンプルの同時識別に対応した、多検体NGS解析用UDIプライマーセットです。
384種類のUDIをプレート形式で提供し、希釈せずに反応液へアプライできるため、
2-step PCR型ライブラリ調製のワークフロー効率化にお役立ていただけます。
多検体解析で使いやすい3つの特長
多検体解析に適した設計
Index配列の重複を避けたUDI構成により、サンプル識別を明確化します。 シーケンス時のIndex hoppingの影響を検出・除去できます。
濃度調整済みで使用可能
F/Rプライマーをあらかじめ混合したprimer mixとしてご提供します。 分注や希釈にかかる作業負担を低減することが可能です。
品質チェック済み
プライマー合成時の品質確認に加えて、UDIを用いたライブラリのシーケンスにより、サンプル識別の安定性を確認済みです。
ご提供形態
| 製品形態 | 384 Unique Dual Index Primer Set |
|---|---|
| 製品価格 | 5 万円 / 384UDI primer 一式 |
| 提供形式 | プレート形式 |
| 液量 | 10 μL以上 |
| 濃度 | 各5 μM（10 μM F primerおよび10 μM R primerを等量混合済み） |
各種条件
| 対応ワークフロー | 2-step PCR型ライブラリ調製 |
|---|---|
| 対応サンプル数 | 最大384サンプル |
| 受け入れ条件 | ①1st PCR産物に弊社指定のアダプター配列が付加されていること ②弊社でDNBSEQまたはMiSeq i100 seriesの専有解析をご依頼いただく方 |
| その他 | UDI配列情報は非公開です。 |
受け入れ可能なサンプル形態
384 UDIプライマーセットをご利用いただく場合、受け入れ可能なサンプル形態は主に以下の3種類です。
その他のサンプル形態も受け入れ可能な場合がございますので、お気軽にご相談ください。
未精製2nd PCR産物
UDI付加PCR後の未精製PCR産物を、サンプルごとに個別の状態でご送付いただく形態です。 弊社にて磁気ビーズによる精製から実施いたします。
精製済み2nd PCR産物
（ライブラリ）
UDI付加PCR後に精製したライブラリを、サンプルごとに個別の状態でご送付いただく形態です。 ご希望に応じて、蛍光濃度測定、サイジング、等モル（等濃度）混合から実施いたします。
混合済みライブラリ
（ライブラリミックス）
各サンプルの2nd PCR産物を精製後、混合済みのライブラリとしてご送付いただく形態です。 シーケンスに必要な濃度・サイズ分布を確認後、シーケンスに進めます。
使用事例 【昆虫でのMIG-seq解析】
当社のUDIプライマーで調製した計384サンプル分のMIG-seqライブラリ（コキマダラセセリ以外の複数の研究プロジェクトを含む）を、DNBSEQ 2 × 150 bp 1レーン専有ランでシーケンスしました。 全体で約130M paired-end reads、約40 Gbのデータを取得し、サンプルあたり約50万 paired-end readsが得られました。本事例では、インデックスホッピングによるコンタミネーションの影響は確認されませんでした。また、参照ゲノムを用いない解析では約450 SNP、参照ゲノムを用いた解析では約3,600 SNPが検出されました。
桜美林大学 大脇 淳 博士撮影。
セセリチョウ科のコキマダラセセリからDNAを抽出し、取得したシーケンスリードを参照ゲノムへマッピングしてSNP解析を行ったところ、合計で約3,400 SNP（一塩基多型）が検出され、採取地域ごとの遺伝的なまとまりを可視化することができました。
簡易抽出DNAからでも多数の多型情報を取得できる点に加え、従来のミトコンドリアDNAバーコード領域を対象としたシーケンス解析では得られにくい高い解像度を得られる点は、MIG-seqの大きな特長です。
受託価格例
384 UDIプライマーセットをご利用いただき、DNBSEQ 1レーン専有解析までご依頼いただく場合の価格例です。
384サンプル MIG-seq解析
DNBSEQ 1レーン専有解析プラン
◆未精製ライブラリミックスをお送りいただく場合
| UDIプライマー費用 | 5万円 | 384 Unique Dual Index Primer Set 一式 |
|---|---|---|
| シーケンス関連費用 | 32万円 | Reconditioning PCR & Size Selection、DNBSEQ 1レーン専有解析 2 × 150 bp 、約40 Gb取得を含む |
| 税別合計 | 37万円 |
SNP解析結果一式：3万円
データ解析を含めた総支出例：40万円
※ 上記は受託価格の一例です。受け入れ形態、必要データ量、解析内容により価格は変動します。
※ 別途1stPCR用プライマーをご用意いただく必要があります。弊社での合成も承っておりますので、ご相談ください。
反応条件例
384 UDIプライマーセットを用いた2nd PCRの反応条件例です。20 μL反応系で、精製済み1st PCR産物にUDI配列を付加する条件を想定しています。実験計画や先行研究等に応じて、ご調整ください。
反応液組成例
| 試薬 | 添加量 |
|---|---|
| 精製済み1st PCR産物 | 2 ng |
| TaKaRa Ex Premier DNA Polymerase*1 |
10 μL |
| UDI Primer Mix | 2 μL |
| PCR grade water | up to 20 μL |
PCR温度条件例*2
| 94℃ | 1 min. | ||
| 98℃ | 10 sec. | 8 cycles | |
| 60℃ | 15 sec. | ||
| 68℃ | 30 sec./kb |
*2 温度条件は使用酵素・テンプレート等に応じて調整してください。
注意事項
- 本製品は、2nd PCRでUDI配列を付加するワークフローを想定したプライマーセットです。
- 1st PCR産物には、2nd PCR用プライマーがアニーリング可能な弊社指定共通配列が付加されている必要があります。
- 弊社で2ndPCRからの調製を承る場合、UDIを標準採用していますので、本製品をご購入いただく必要はございません。
- リード数は、混合比やシーケンスバランス等により変動します。そのため、弊社ではリード数保証はしておりません。
- UDIはindex由来ミスアサインの低減を目的としており、分注やPCRコンタミを完全に防止するものではありません。
- 本製品に含まれるUDI配列情報は非公開とさせていただいております。
- 本製品は、弊社シーケンスサービスと組み合わせてご利用いただくことを前提としています。
- 他施設でのシーケンスを目的としたUDI配列情報の開示できかねます。
NGS解析の各種ご相談も承っています
UDIプレートの使用方法や、サンプル数、必要リード数、目的に応じて、最適なプランをご提案します。 NGS解析をご検討中の方は、お気軽にお問い合わせください。
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