次世代シーケンス解析 サービス概要 ~次世代シーケンスを身近なものに~

遺伝子解析のスループットを向上させた超並列化シーケンスは、サンガーシーケンスの次の世代という位置づけで次世代シーケンス(NGS)と呼ばれ、一般化 さらにはロングリードを実現した1分子シーケンサーなど第三世代も台頭しており、解析技術も日々進歩している状況ですが、NGSはその正確性からサンガー法と同様に今後も重宝される技術ととらえております。

汎用性の高い次世代シーケンサーですが、膨大なデータの処理が必要であったり、データ解析プログラムは、そのほとんどがコマンドライン環境であることから未だに制約や抵抗がある方々も多く、サンガー法のような身近な技術と言える状況には程遠いのが現状であると弊社は認識しております。

弊社では次世代シーケンスではお客様の目的に沿った各種プランを設けており、またご要望に応じたご提案を心がけております。そして次世代シーケンサーでの解析をより多くの人達に利用していただき、将来的にはサンガー法のような普及技術とすることを会社のミッションと位置づけております。

サービス一覧

次世代シーケンス解析ってどんなメリットがあるの?

  • 1.サンガー法では得られなかったデータが得られます
  • 2.サンガー法ではお金と時間が莫大にかかっていた仕事が低価格/短納期で完了できます。

【具体例1】~細菌叢の解析~

サンガー法を用いたクローンライブリー法では、サンプルから抽出したDNAを鋳型として、解析対象となる遺伝子(主に16SrRNA)をPCR法で増幅し、クローニングを行って一つ一つ塩基配列を決定していました。この従来方法では100種類の塩基配列を決定するだけでも非常に多くの時間を要します。

次世代シーケンサーでは

  • (1) PCR産物を解析対象として直接塩基配列を決定します。 サンプル調製はPCR産物の精製までです。クローニングする必要はありません。
  • (2) 得られる塩基配列のデータは通常10,000を超えます。 得られた一つ一つのデータは解析対象であるPCR産物に含まれる1分子に由来します。つまり、クローニング→サンガー法のシーケンス解析で得られた一つ一つのデータに相当します。通常10,000程度はデータが得られます。
  • (3) マイナーなグループのデータが得られます。 (2)での説明のとおりクローンライブラリー法とは比較にならないデータ量が得られます。その結果、クローンライブラリー法では得ることが非常に難しかったマイナーなグループのデータが得られます。

【具体例2】~野生生物の食性解析~

従来の方法では捕獲した個体の消化管内容物について、形態分析や耳石等硬組織の分析、安定同位体比の分析を行っています。また、糞便を用いたDNA分析も行われていますが、腸内細菌叢と同じくクローンライブラリー法を用いた場合、得られる結果のほぼ全てが対象個体の塩基配列であり、餌生物の同定方法としては有効な手段ではありませんでした。

次世代シーケンサーでは

MiSeqを用いた解析では腸内細菌叢の解析と同様にPCR産物を直接解析します。具体的には消化管内容物や糞便をサンプルとして、日本バーコードオブライフ・イニシャチブで動物のバーコーディングに用いられているCOI遺伝子の解析を行い、餌生物の推定を行います。

【より多くのお客様の為のツールとして】

上記で説明したアンプリコン解析以外にも実績があります。今後も次世代シーケンス解析がより多くのお客様にとって強力なツールとなるように開発を進めていきます。