ターゲットアンプリコン解析

パッケージ化することによってリーズナブルにご利用できるサービスです。
価格 : 150,000円
納期 : 15営業日 ※オプション無しの場合
解析対象領域
16S V4/18S V9/ITS(gITS7-ITS4)/COI(mlCOIintF-HCO2198)/MiFish*(12S V5)など
*R Soc Open Sci. 2015 Jul 22;2(7)
解析概要
  • (1)弊社 : 解析対象領域を増幅ターゲットとしたサンプル調製用プライマー(※1)を無償提供いたします。
    ターゲット増幅用の1st PCR primer(F/R各1本)、およびサンプル識別用インデックスを含む2nd PCR primer set(F8本/R2本)をお送りします。複数ターゲットの1st PCR primerをご希望の場合には、別途プライマー合成費用(実費)をいただく場合がございます
  • (2)お客様 : サンプル調製用プライマーを用いてPCRによるライブラリ調製を行っていただきます。
    プライマーの組合せで、最大16サンプルを識別できます。
  • (3)お客様 : サンプル毎に精製・濃度測定し、等量混合したサンプル(※2)をお送りいただきます。
  • (4)弊社 : 受領サンプルのQC作業を行います。(※3)
  • (5)弊社 : QCをパスしたサンプルについて、MiSeqで2×250 bpランを行います。
  • (6)弊社 : QIIME等を使用し、「菌群組成グラフ」や「ヒートマップ」としてデータを可視化します。
  •  
    ※1.
    パッケージサービスでのサンプル調製は、弊社より提供するプライマーを使用してください。
    サンプル調製の際に使用したプライマーセットが弊社よりお送りしたものと異なりますと、他のお客様とのインデックス情報の重複等により、サンプルの再調製や解析の順番待ちが必要になります。その場合、通常より納期が遅くなる可能性がありますことをご了承ください。
    ※2.
    精製後のサンプルの中で一番低いサンプルの濃度に他のサンプル濃度を合わせてください。
    お送りいただく等量混合済サンプルは10 ng/µL、20µL以上でお願いします。
    ※3.
    サンプル受領後にMiSeqでの解析の可否を判断するため、サンプルDNAの長さと量を測定する作業をQC(quality control)作業として行なっております。
    QC作業の結果、サンプル調製に用いたプライマーの残存などMiSeqでの解析に問題があると判断した場合、弊社でサンプルの精製を行います(有償:5,000円)。また、この時点で解析を行ってもデータが得られないと判断した場合は解析を中止させていただきます。※この場合のご請求は行いません。
    <オプションサービスと価格>
    上記基本パッケージに加えて、以下のオプションをご指定いただけます。
    ※参照データベースはデフォルトではGreengenesを利用しておりますが、頻繁にデータが更新がされる「SILVA database」 もご利用いただけます(無料)。 また、こ希望によりQIIME1の代わりにDADA2アルゴリズムを利用した「QIIME2」での解析も承ります(無料)。QIIME1とは納品産物に違いがありますのでご了承ください。
    作業内容 価格
    DNA抽出から (※4) 8サンプルまで +40,000円
    9~16サンプル +60,000円
    PCRから 8サンプルまで +20,000円
    9~16サンプル +30,000円
    解析対象領域長の変更
    (400-500bp程度)
    +20,000円
    Library Mix調製 16サンプルまで 無料
    16サンプルあたり +30,000円
    レアファクションカーブと
    主座標分析(PCoA)
    1グループ +10,000円
    OTUのBLAST解析 +30,000円
    SILVA databaseへの変更 無料
    Qiime2での解析への変更 無料
    16Sアンプリコン解析では、生菌に特化した群集構造解析もオプションにて承っております。
    内容価格
    RNAからの逆転写による
    アンプリコン解析
    RNA抽出から+35,000円/サンプル
    逆転写PCRから+20,000円/サンプル
    EMAによるアンプリコン解析
    (EMA処理→DNA抽出→PCR)
    +35,000円/サンプル

    また、納品後の解析データを使用した再解析なども承っております。
    作業内容 価格
    納品後データの再解析 QIIME使用 1,000円/サンプル
    レアファクションカーブと
    主座標分析(PCoA)(※5)
    30,000円/グループ
    ※4.
    DNA抽出は、対象生物やサンプルの状況によって方法を最適化する必要がございます。より良いデータを得るための非常に重要なステップであると位置づけております。
    この観点から、弊社におけるDNA抽出ノウハウに乏しいサンプルについてはお断りさせていただく場合がございます。
    ※5.
    一度納品したデータについて、サンプルをご指定いただき、QIIME等での系統解析、およびレアファクションカーブと主座標分析(PCoA)を行うサービスです。
    複数のご注文からサンプルをご指定いただくことが可能です。
    【重要】サンプルおよびデータの保管期限
    弊社にお送りいただきましたサンプルは、お客様からの返却希望のお申し出がない場合、解析終了後3ヶ月で破棄させていただきます。返却をご希望のお客様は、弊社ログインサイトからご注文される際に、その旨をご明記くださいますようお願い申し上げます。なお、サンプル返却はゲノムDNAのみが対象となります。
    また、解析データに関しましては、保管期限を解析終了後1年間とさせていただきます。弊社での保管期限後に「レアファクションカーブと主座標分析について納品後の解析」オプション等をご希望される場合、弊社から出荷した解析データ等をお送りいただければご対応いたします。