RNA-seq解析パッケージ

RNA-seqはNGSを利用しmRNAを解析することによって細胞内で発現する全転写物の網羅的な定量を可能としております。まずサンプルから転写物であるRNAを抽出し、RNAからcDNAライブラリーを作成してシークエンスを行い、リファレンス配列にマッピングすることで、発現量を定量いたします。

価格・納期

90,000円~/サンプル (20営業日)

解析概要

  • (1)お客様 : サンプル情報のご提供
    ご依頼は2サンプル以上から承ります。
  • (2)お客様 : 弊社にサンプル送付
    トータルRNAとサンプル情報を弊社へ送付ください(※1)。
  • (3)弊社 : ライブラリー調製
    RNAの品質確認後(※2)、ライブラリーを作製いたします。ライブラリーの濃度と品質を確認致します。
  • (4)弊社 : シーケンス解析
    illumina社のNextSeq500を使用してシーケンシング解析を行い、ペアエンドリードを取得します。
  • (5)弊社 : データ解析
    マッピングソフトウェアを用いてリファレンス配列にマッピングいたします。その後RPKMなどによる正規化を行ったデータを提供致します。
※1 RNAの分解が進んでおり、シーケンシング解析を行ってもデータが得られないと判断した場合は、中止させていただきます。
※2サンプル推奨条件は以下の通りです。
①吸光度計によりサンプルの純度をご確認ください A260/A280≧1.8、A260/A230≧2
②電気泳動にて分解が認められないことをご確認ください(Bioanalyzerをお持ちの場合、RINが8.0以上)。

オプションサービスと価格

上記基本パッケージに加えて、以下のオプションをご指定いただけます。
①サンプル調製
作業内容価格
リボソームRNA除去 polyA-tailを持たないバクテリアのmRNAなど、oligodTで単離できない場合に有効です。 +30,000円/サンプル
②データ解析
作業内容価格
発現量算出(マッピング含む)+10,000円
発現比較解析(※3)+50,000円
主成分解析+10,000円
ヒートマップ、クラスタリング+10,000円
Trinityを用いたDe novo transcriptome assembly( 参照ゲノム配列なし)+100,000円
アノテーション(GO解析など)(※4)+40,000円
※3 CLC、Cuffdiff、Deseq2、edgeRなどのツールを利用します。
※4 必要なデータベース (ntやGOGのデータベース)を利用します。