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オーダーメイド解析事例

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ファスマックNGSグループでは、お客様のご要望に応じてオーダーメイドでのライブラリ調製・データ解析も承っております。可能な限り対応させていただきますので、まずはお気軽にご相談ください。
▼【アンプリコン解析】 EMA処理による生菌解析
EMA処理法では、死菌由来DNAのみが修飾され、修飾を受けたDNAが増幅できない状態とすることで、生菌由来DNAのみが選択的にPCR増幅・検出される群集構造解析です。環境サンプル中に存在する生きた菌を特定することで、実際に活動している微生物群集構造を経時的に把握することが可能です。検体の性質・保存状況に応じて、最適な手法をお選びいただけます。
EMA処理区(生菌のみ)、EMA未処理区(死菌＋生菌)、それぞれの条件区分を設定した糞便サンプルについて、群間比較解析 LEfSe (Linear discriminant analysis effect size）を実施しました。
EMA処理区ではEnterobacteriaceae, Proteobacteria,Gammaproteobacteriaの割合がEMA未処理区に比べて高く、EMA未処理区ではLactobacillaceae, Clostridiaceae等が相対的に高い結果となりました。
同じサンプルで通常の16S rRNAアンプリコン解析とEMA処理法による生菌群集構造解析の結果を比較することで、サンプル中で活動している生菌の予測が可能となります。
▼【RNA-seq解析】 特定の機能をもつ遺伝子群の発現
ヒト培養細胞について、ヒートショック処理群とコントロール群の遺伝子発現の比較を行いました（各群3反復）。EnsemblのGene IDのリストをお渡しいただければ特定の遺伝子群に焦点をあてた発現比較解析や作図が可能です。
Volcano plotは、横軸に遺伝子の発現比、縦軸に統計的有意性（p値）をまとめた図です。遺伝子の発現を視覚化することで、重要な変化をしている遺伝子を特定することが可能です。x軸において、0より右側は発現量が増加した遺伝子、0より左側は発現量が減少した遺伝子を表します。またy軸では、上に行くほど統計的有意性が高い遺伝子を表します。今回の解析の焦点となる熱応答に関与する遺伝子（赤ドット）のうちのいくつかが、大きな発現変動をしていることが分かります。
GO解析では、統計的な評価に基づき、遺伝子群に特徴的なGO Termを抽出することが可能です。これにより、発現が変動した遺伝子群を抽出した際に、その遺伝子群がどのような機能に関与しているのかを解釈することができます。コントロール群の遺伝子発現に対してヒートショック群に遺伝子発現を比較したときのGO解析の結果のうち、FDR p-valueの小さい順に並べた時の上位を示した表です。熱応答（response to heat）に関与する遺伝子が上位に抽出されていることがわかります。
▼【ゲノムショットガン解析】 SNPの個体間比較
イヌ科動物の2検体のゲノムショットガン解析を行い、染色体上のSNP位置を比較しました。リファレンスにアノテーション情報が含まれている場合は、変異リストと合わせて納品することも可能です。
染色体上のヘテロSNPの分布を視覚化しました。バーの左右はそれぞれ2個体のSNPを示し、各色は多型性が高いゲノム領域（赤）と低い領域（青）を示しています。今回用いた2個体は系統・生息地が異なりますが、イヌ科動物で共通して高い多型性が維持されている領域が複数確認できます（例えば嗅覚関連遺伝子）。
▼【ゲノムショットガン解析】 ゲノム距離に基づく種の同定
種が不明のゲンゲ属植物と、種同定済みの複数のゲンゲ属植物を対象にゲノムショットガン解析を行いました。得られたリードデータからアセンブリフリーの手法に基づくゲノム距離を算出することで、その距離から種同定を試みることが可能です。
上図はゲノム距離から作成したヒートマップです。ゲノム距離が離れるほど赤色を示します。ミトコンドリアおよび葉緑体の単一遺伝子に基づく解析では変異がなく見分けがつかない分類群でも、コントロールサンプルを含めて全ゲノムショットガンを行うことで、より近縁な種を同定することが可能です。プライマー設計等も不要なため様々な分類群に適用することができます。※元データは弊社お客様よりご提供いただきました。
お問い合わせ先
〒243-0021 神奈川県厚木市岡田3088 ケーオービルA棟4階
TEL:046-281-9909 FAX:046-281-9931

DNAシーケンス解析

次世代シーケンス解析

フラグメント解析