PNA合成 技術情報 ~よくある質問(FAQ)~

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▼Q.簡易カラム(逆相カートリッジカラム)での精製は可能でしょうか?
A.逆相カートリッジカラムはオリゴDNAでしか利用できませんので PNAでは逆相HPLC精製のみとなります。
▼Q. HPLC精製は不可欠でしょうか?
A.HPLC精製を行なわない場合、合成時の不純物を含みますので品質の保証ができません。
そのためHPLC精製が必要です。
▼Q. PNAの保証収量はどのくらいでしょうか?
A.非修飾品で50nmol、蛍光修飾品で25nmolです。
▼Q.イノシン残基は合成可能ですか?
A.可能です。
▼Q.溶解方法について
A. PNAは滅菌水に溶解させてください。50℃で数分間加熱すると溶解性が上がります。
プリンリッチな配列や蛍光標識したPNAは溶解性が悪い事があります。
その場合は0.1%TFA+10%アセトニトリル溶液またはDMF/H2O=1:1溶液に溶解させてください。
▼Q.保存方法について
A.溶解前のPNAは室温またはそれ以下の温度で保存してください。
溶解後のPNAは、凍結融解の繰り返しを避けるために数本のバイアルに分注して凍結保存してください。
▼Q.pHについて
A. PNAは広いpH域で安定です。
ただし強酸性や強アルカリで長時間放置すると分解する恐れがありますのでなるべく避けてください。
▼Q.PNAのN末端はDNAで言うところのどちらに相当しますか。
A.5’末端です。
▼Q.PNAで標識できる場所はどこですか?
A. 原則的にはN末端になります。
ただしアミノ酸やペプチドは両末端のどちらでも修飾可能です。
▼Q.末端標識は何ができますか?
A.アミノ酸、ペプチド、Biotin、各種蛍光色素などです。
詳しくはお問合せください。
▼Q.PCR primerに使用できますか?
A.できません。
PNAは骨格がペプチド結合をしておりますのでdNTPが結合できません。
▼Q.配列の制限はありますか?
A.原則的に合成できる塩基数は18merまで。
プリンリッチ(AとGが連続したり、割合の多いもの)の配列は合成純度が極端に低下するので避けてください。
詳しくは配列のガイドラインをご参照ください。
▼Q.18merより長い合成は可能ですか?
A.18merを越えるPNAをご希望される際はその配列と一緒にお問い合わせください。
▼Q.納期は?
A.約3~4週間です。
本数や標識の有無によっても若干異なります。
▼Q.大量合成はできますか?
A.可能です。
最低保障量50nmol~大量合成まで対応しております。詳しくはお問い合わせ下さい。
▼Q.リンカーとは何ですか。必ず必要ですか。
A.リンカー(8-amino-3,6-dioxa-octanoic acid)は下図の様な構造を持ち、 PNAと標識部分との間のspacerです。
標識をいれる際はハイブリの立体障害を防ぐために1~2個のリンカーの挿入をお勧めします。
別のリンカーをご希望される場合はお問い合わせください。
▼Q.PNAの取り扱い上の注意点はありますか?
A.ほぼDNAと同様にお使い頂けます。
ただし、ガラスに吸着いたしますのでポリプロピレンやポリエチレン製の容器をお使いください。
▼Q.PNAのTm値の計算方法は?
A.PNA/DNAのTm値は以下の計算ファイル(エクセル)をご使用ください。
ダウンロードしてエクセルのセルに配列(半角大文字)を入力するとTm値を計算します。
その他、ご不明点やご要望がございましたら、下記までお問い合わせください。
株式会社ファスマック バイオ研究支援事業部 PNA担当
TEL:046-281-9901 FAX:046-281-9931