次世代シーケンス解析(MiSeq) 12Sアンプリコン解析の解析事例

魚類のDNAメタバーコーディングに使用されるMiFishを用いて解析した例を紹介いたします。

解析事例:相模川水系における魚類相解析

相模川水系の異なる時期で魚類相を解析した結果です。

◇ワークフロー

相模川水系の複数地点にて採水を行い、ポリタンクにプールした。DNAの劣化を防ぐため、採水直後にオスバン消毒液(10%塩化ベンザルコニウムを含む)を1ml/L添加した*1。常温で持ち帰り、ラボにてM.Miya*2らの方法に従ってフィルトレーション、DNA抽出を行った。抽出したDNAを用いて、NGSライブラリ調製を行った。ライブラリ調製は8反復実施した。調整したライブラリはillumina社のMiseqでシーケンスを行った。得られたデータをMitoFishに供与してホモロジー検索を行った。

◇結果

図1は8回のライブラリ調製で検出された魚種数を積み重ねたグラフです。検出される魚種数が増加していることが伺え、検出される魚種数を増やすためにPCR反復が有効であることが示唆されました*3,*4。
図1 PCR反復数と検出される魚種数の関係(2018年6月採水)
図2 異なる採水時期での魚類相の比較

◇サービスと価格

本解析はターゲットアンプリコン解析で承っております。以下のオプションも併せてご利用いただけます。
内容価格
環境水からの受け入れ+1,000円/サンプル
ステリベクスフィルターからの受け入れ+500円/サンプル
ライブラリ調製*5
-1stPCR4反復-
8サンプルまで+10,000円
16サンプルまで+15,000円
 
    • *1 参考文献:Limnology April 2017, Volume 18, Issue 2, pp 233–241
      *2 参考文献:R Soc Open Sci. 2015 Jul 22;2(7)
      *3 参考文献:Scientific Reports volume 7, Article number: 40368 (2017)
      *4 参考文献:Scientific Reports volume 7, Article number: 14860 (2017)
      *5 ライブラリ調製費用に別途加算いたします。