DNA解析による微生物群集構造解析 次世代シーケンサーによる解析

遺伝子解析技術を利用した微生物種の同定検査サービスの一環として、試料中に含まれる微生物の構成や存在割合を推定するサービスを行っております。
従来法のクローンライブラリーに加えて、次世代シーケンサーを利用した解析サービスも開始いたしました。様々な環境中における微生物相の変化を調べるのにご利用いただけます。

次世代シーケンサーによる解析

次世代シーケンサーによる解析サービスを開始いたしました。
~イルミナ社 MiSeqによる解析~

【特徴】

(1)大量のデータが得られます。

1サンプルにあたり10,000リード以上のデータを保証します。1リードは上記クローンライブラリー法の
1クローンに相当します。

(2)マイナーなグループの検出が可能です

一つのリードは理論上PCRによって増幅されたテンプレート1分子に由来します。
したがって、サンプル中にごくわずかに存在する微生物グループであっても検出が可能です。
クローンライブラリー法では検出が難しい部分です。

(3)一回の解析で複数サンプルが同時解析可能

異なる環境条件での群集構造の比較ができます。

【解析フロー】

1.試料からDNAを抽出

2.PCR

抽出したDNAをテンプレートとして、16SリボソーマルRNA遺伝子のV4領域(約254bp)をカバーする部分を増幅。

3.塩基配列の決定

次世代シーケンサー(MiSeq)にて塩基配列を決定

4.データ解析

MiSeq 付属のソフトウェアもしくは公共のデータベースを利用した群集構造の解析を行います。

【解析例】

犬の糞便から抽出したDNAをサンプルとして、腸内細菌の群集構造解析を行った結果
解析例
得られた塩基配列のデータから目(order)レベルでの分類を行っています。
(参考情報)

【価格及び納期】

納期4~6週間程度、価格についてはお問い合わせ願います。

サンプル送付方法

下記の住所に冷蔵便にて送付願います。
【送付先】
〒243-0041 神奈川県厚木市緑ヶ丘5-1-3
(株)ファスマック 遺伝子検査事業部 宛
TEL:046-295-8787 FAX:046-294-3738
【お問い合わせ先】
株式会社ファスマック 遺伝子検査事業部
TEL:046-295-8787 FAX:046-294-3738