次世代シーケンス解析(MiSeq) 微生物ゲノムドラフト解析の解析事例

海洋研究開発機構 深海・地殻内生物圏研究分野の牧田寛子先生より、
新規海洋性プロテオバクテリアを提供いただき、解析した結果です。
次世代シーケンサーMiSeqを使用して、シーケンシング解析を行い、paired-endリードを取得しました。
取得された生リードをクオリティフィルタリングした後、アセンブルを行い、
さらにドラフトゲノム配列から遺伝子を予測しました。
生リード
7.3M paired-endリード(2x300bp)
  • sickleを用いたクオリティフィルタリング
  • SPAdesを用いたアセンブル
ドラフトゲノム配列
- Contig 70
- Scaffold 70
- N50 [bp] 105,204
- Longest [bp] 249,769
- Total [bp] 2,500,556
- GC% 48.7
  • prokkaを用いたオートアノテーション
    (オプション解析)
アノテーションデータ
- 遺伝子数 2,417
- rRNA 6
- tRNA 49

【納品データ】

生リード(fastq形式) 【 ダウンロード 】
(ZIPファイル 338 KB)
ドラフトゲノム配列(ContigとScaffold) 【 ダウンロード 】
(ZIPファイル 154 KB)
統計データ 【 WEBブラウザで表示 】
アノテーションデータ
(オプション)
予測遺伝子の塩基配列 【 WEBブラウザで表示 】
予測遺伝子のアミノ酸配列 【 WEBブラウザで表示 】
遺伝子アノテーション(gff形式) 【 WEBブラウザで表示 】
genbank形式データ 【 WEBブラウザで表示 】