次世代シーケンス解析(MiSeq) サービス内容と価格について

1. パッケージサービス

パッケージ化することによってリーズナブルにご利用できるサービスです。

【アンプリコン解析】

価格 : 150,000円
納期 : 15営業日 ※オプション無しの場合
解析対象領域
16S V4/18S V9/ITS(gITS7-ITS4)/COI(mlCOIintF-HCO2198)など
解析概要
  • (1)弊社 : 解析対象領域を増幅ターゲットとしたサンプル調製用プライマー(※1)を無償提供いたします。
    ターゲット増幅用の1st PCR primer(F/R各1本)、およびサンプル識別用インデックスを含む2nd PCR primer set(F8本/R2本)をお送りします。複数ターゲットの1st PCR primerをご希望の場合には、別途プライマー合成費用(実費)をいただく場合がございます
  • (2)お客様 : サンプル調製用プライマーを用いてPCRによるライブラリ調製を行っていただきます。
    プライマーの組合せで、最大16サンプルを識別できます。
  • (3)お客様 : サンプル毎に精製・濃度測定し、等量混合したサンプル(※2)をお送りいただきます。
  • (4)弊社 : 受領サンプルのQC作業を行います。(※3)
  • (5)弊社 : QCをパスしたサンプルについて、MiSeqで2×250 bpランを行います。
  • (6)弊社 : QIIME等を使用し、「菌群組成グラフ」や「ヒートマップ」としてデータを可視化します。
  •  
    ※1.
    パッケージサービスでのサンプル調製は、弊社より提供するプライマーを使用してください。
    サンプル調製の際に使用したプライマーセットが弊社よりお送りしたものと異なりますと、他のお客様とのインデックス情報の重複等により、サンプルの再調製や解析の順番待ちが必要になります。その場合、通常より納期が遅くなる可能性がありますことをご了承ください。
    ※2.
    精製後のサンプルの中で一番低いサンプルの濃度に他のサンプル濃度を合わせてください。
    お送りいただく等量混合済サンプルは10 ng/µL、20µL以上でお願いします。
    ※3.
    サンプル受領後にMiSeqでの解析の可否を判断するため、サンプルDNAの長さと量を測定する作業をQC(quality control)作業として行なっております。
    QC作業の結果、サンプル調製に用いたプライマーの残存などMiSeqでの解析に問題があると判断した場合、弊社でサンプルの精製を行います(有償:5,000円)。また、この時点で解析を行ってもデータが得られないと判断した場合は解析を中止させていただきます。※この場合のご請求は行いません。
    <オプションサービスと価格>
    上記基本パッケージに加えて、以下のオプションをご指定いただけます。
    作業内容 価格
    DNA抽出から (※4) 8サンプルまで +40,000円
    9~16サンプル +60,000円
    PCRから 8サンプルまで +20,000円
    9~16サンプル +30,000円
    解析対象領域長の変更
    (400-500bp程度)
    +20,000円
    Library Mix調製 16サンプルまで 無料
    16サンプルあたり +30,000円
    レアファクションカーブと
    主座標分析(PCoA)
    1グループ +10,000円
    OTUのBLAST解析 +30,000円
    また、納品後の解析データを使用した再解析なども承っております。
    作業内容 価格
    納品後データの再解析 QIIME使用 1,000円/サンプル
    レアファクションカーブと
    主座標分析(PCoA)(※5)
    30,000円/グループ
    ※4.
    DNA抽出は、対象生物やサンプルの状況によって方法を最適化する必要がございます。より良いデータを得るための非常に重要なステップであると位置づけております。
    この観点から、弊社におけるDNA抽出ノウハウに乏しいサンプルについてはお断りさせていただく場合がございます。
    ※5.
    一度納品したデータについて、サンプルをご指定いただき、QIIME等での系統解析、およびレアファクションカーブと主座標分析(PCoA)を行うサービスです。
    複数のご注文からサンプルをご指定いただくことが可能です。

    【微生物ゲノムドラフト解析】

    価格 : 250,000円
    納期 : 20営業日 ※オプション無しの場合
    受け入れ可能サンプル
    バクテリア(Bacteria)およびアーキア(Archaea)
    解析概要
    • (1)お客様 : 抽出したゲノムDNAを弊社にご送付していただきます。
    • (2)弊社 : 受領サンプルのQC作業を行います。
    • (3)弊社 : QCをパスしたサンプルについて、MiSeq解析用のアダプターライブラリを調製します。
    • (4)弊社 : MiSeqで2×300 bpランを行います。
    • (5)弊社 : SPAdesを使用して、取得データのアセンブルおよびコンティグ作成を行います。
    <オプションサービスと価格>
    上記基本パッケージに加えて、以下のオプションをご指定いただけます。
    作業内容 価格
    Prokka を用いたオートアノテーション +50,000円
    コンティグのBLAST解析 +30,000円
    【重要】サンプルおよびデータの保管期限
    弊社にお送りいただきましたサンプルは、お客様からの返却希望のお申し出がない場合、解析終了後3ヶ月で破棄させていただきます。返却をご希望のお客様は、弊社ログインサイトからご注文される際に、その旨をご明記くださいますようお願い申し上げます。なお、サンプル返却はゲノムDNAのみが対象となります。
    また、解析データに関しましては、保管期限を解析終了後1年間とさせていただきます。弊社での保管期限後に「レアファクションカーブと主座標分析について納品後の解析」オプション等をご希望される場合、弊社から出荷した解析データ等をお送りいただければご対応いたします。

    2. カスタムサービス

    お客様の実験プランに応じて解析内容を選んでいただくサービスです。 納期は解析内容により変動します。 通常はサンプル到着後1~2ヶ月程度ですが、実際の納期は御見積書をご確認ください。

    【サンプル調製】

    (1) ゲノムドラフト/メタゲノム用アダプターライブラリ調製

    価格 : 20,000円/サンプル
    長鎖PCR産物からゲノムDNAまで幅広くご利用いただけるサンプル調製方法です。 ご依頼サンプルに応じて最適な方法を用いてサンプル調製を行います。 RNAサンプルにつきましては、価格等弊社までお問い合わせください。

    (2) アンプリコン解析用のサンプル調製

    作業内容 サンプル数 ご提供サンプル 価格
    DNA抽出から 8サンプルまで 検体 40,000円
    9~16サンプル 60,000円
    PCRから 8サンプルまで 抽出DNA 20,000円
    9~16サンプル 30,000円

    【MiSeqでのラン】

    項目 価格
    QC(quality control)作業
    送付サンプルの濃度・品質
    チェック[必須]
    30,000円
    共有解析 2×250 bp
    他のお客様のサンプルと相乗りで
    ランを実施(※6)
    115,000円
    共有解析 2×300 bp 150,000円
    専有解析 2×250 bp
    一人のお客様のサンプルのみで
    ランを実施
    300,000円
    専有解析 2×300 bp 400,000円
    ※6.
    サンプル投入量10% 以上を保証いたします。
    ただし、データサイズやリード数の保証は行っておりません。 詳細は以下の「解析の結果得られるデータ量について」をご参照ください。

    <解析の結果得られるデータ量について>

    イルミナ社のカタログスペック値ではMiseq1ランで得られるデータ量は以下の通りとなっております。
    • 2×250 bp試薬での解析  7.5~8.5Gb(2,400万~3,000万)
    • 2×300 bp試薬での解析  13.2~15Gb(4,400万~5,000万)
    • しかしながら、MiSeqでのシーケンス解析原理であるSBS(Sequencing By Synthesis)法では解析する配列によって得られるデータ量が変化します。 一般的にはアンプリコン(PCR産物)についてはデータ量が少なくなる傾向にあります。 また、解析時には必ずコントロールとして PhiX ライブラリーをサンプルに応じて10~30% 程度添加します。 このような理由から、弊社はデータ量の保証は行っておりません。

    【データ解析】

    カスタムサービスで基本的なデータ解析作業は以下の通りです。 外部取得データ(お手持ちのfastqファイル)を使用したデータ解析にもご利用可能です。また、パッケージサービスで選択可能な解析オプションや「CrispRVariant」を使用したジェノタイピングもご指定いただけます。詳しくはお問い合わせください。
    作業内容 価格
    アセンブルとコンティグ作成 40,000円/サンプル
    QIIME等でのデータ解析 1,000円/サンプル
    【サンプルおよびデータの保管期限】
    サンプルおよびデータの保管期限は、パッケージサービスと同様です。